Очень интересный кейс.

Никакой AlphaFold не предсказал бы, что KDM3A гидроксилирует ацетилированный лизин. Почему? Потому что модель обучена на известных структурах и реакциях. А тут — совершенно новая реакция для этого класса ферментов (JmjC), хотя механистически она близка к деметилированию: тот же Fe(II), 2-оксоглутарат, кислород, тот же гидроксилирование метильной группы. Но вместо отщепления формальдегида (как при деметилировании) продукт остаётся стабильным.

Что сделали авторы? Они сделали классическую биохимию.

Взяли рекомбинантный фермент. Взяли набор потенциальных субстратов (пептиды с разными модификациями лизина). Взяли MALDI-TOF + MS/MS для идентификации продукта. Сделали18O2 мечение для подтверждения источника кислорода. Кинетика, конкурентные эксперименты, мутанты, антитела...

Это именно та «скучная» работа, которая создаёт фундамент. И без неё никакой ИИ не сгенерирует новую модификацию in silico.


https://t.me/bio_cr_eng/78