| آکادمی زیست اومیکس |

📚کتاب ارزشمند "Analysis of Biological Networks"

🧠 کتاب «تحلیل شبکه‌های زیستی» به ویراستاری Björn H. Junker و Falk Schreiber، یکی از منابع تخصصی و کاربردی در حوزه‌ی زیست‌شناسی سامانه‌ها، بیوانفورماتیک و تحلیل شبکه‌ها است. این کتاب به بررسی روش‌های محاسباتی و آماری برای مطالعه‌ی شبکه‌های پیچیده‌ی زیستی می‌پردازد؛ شبکه‌هایی که می‌توانند ارتباط میان ژن‌ها، پروتئین‌ها، متابولیت‌ها و مسیرهای سلولی را نمایش دهند.

🧬در این کتاب با مفاهیمی مانند شبکه‌های تنظیم ژنی، شبکه‌های برهم‌کنش پروتئین–پروتئین، شبکه‌های متابولیکی، تحلیل توپولوژی شبکه، شناسایی ماژول‌ها و مسیرهای زیستی و مصورسازی شبکه‌ها آشنا می‌شویم. یکی از نقاط قوت کتاب این است که نگاه زیستی را با روش‌های ریاضی، آماری و محاسباتی ترکیب می‌کند و نشان می‌دهد چگونه از داده‌های اُمیکس می‌توان برای شناخت بهتر ساختار و عملکرد سیستم‌های زیستی استفاده کرد.

👥این کتاب برای دانشجویان و پژوهشگران بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی سامانه‌ها مناسب است و کمک می‌کند روابط میان ژن‌ها، پروتئین‌ها و سایر اجزای سلولی را در قالب شبکه‌های زیستی بهتر درک کنند.

#کتاب

🧬 در کانال آکادمی زیست اومیکس با ما همراه باشید…
| @BioOmics_Academy |

🧪ژنومیکس؛ نه یک رشته ژن، بلکه کل کتاب

🧐وقتی از DNA صحبت می‌کنیم، معمولاً از ژن‌ها و نقش هرکدام به‌صورت جداگانه حرف می‌زنیم. اما ژنومیکس نگاه متفاوتی دارد؛ به‌جای تمرکز روی یک ژن، کل مجموعه‌ی اطلاعات ژنتیکی یک موجود را بررسی می‌کند و ارتباط میان بخش‌های مختلف ژنوم را در نظر می‌گیرد.

🖥️ پیشرفت فناوری‌های توالی‌یابی نسل جدید (NGS) این امکان را فراهم کرد که ژنوم را در مقیاس گسترده بررسی کنیم. اما حجم عظیم داده‌های حاصل، نیاز به ابزارهای محاسباتی و تحلیلی را بیشتر کرد و همین‌جا بود که بیوانفورماتیک تبدیل به بخش جدایی‌ناپذیر مطالعات ژنومیک تبدیل شد.

❗️یکی از بخش‌های مهم ژنومیکس، ژنومیک مقایسه‌ای است. با مقایسه‌ی ژنوم گونه‌های مختلف می‌توان بخش‌های حفاظت‌شده، تفاوت‌های ژنتیکی و سرنخ‌هایی درباره‌ی نقش برخی ژن‌ها در طول تکامل پیدا کرد.

🔎کاربرد ژنومیکس به پژوهش‌های آزمایشگاهی محدود نمی‌شود. امروزه اطلاعات ژنومی در پزشکی دقیق نیز مورد استفاده قرار می‌گیرد؛ رویکردی که در آن ویژگی‌های ژنتیکی هر فرد می‌تواند در تشخیص، انتخاب درمان و پیش‌بینی پاسخ به برخی داروها مورد توجه قرار گیرد. فارماکوژنومیکس نیز به بررسی ارتباط تفاوت‌های ژنتیکی افراد با پاسخ آن‌ها به داروها می‌پردازد.

🔬در نهایت، ژنومیکس به ما یادآوری می‌کند که ژنوم فقط مجموعه‌ای از ژن‌های جدا از هم نیست؛ بلکه یک سیستم پیچیده و به‌هم‌پیوسته است که هنوز بخش زیادی از روابط و عملکردهای آن برای ما ناشناخته باقی مانده است.

🤔اما چطور می‌توان این حجم عظیم از اطلاعات ژنتیکی را خواند، تحلیل کرد و از دل آن الگوهای مهم را پیدا کرد؟
این موضوع را در اینفوگرافیک امروز بررسی می‌کنیم.

🧬 در کانال آکادمی زیست‌اومیکس با ما همراه باشید…
| @BioOmics_Academy |

🧠خلق از هیچ (طراحی De novo)

3️⃣قسمت سوم

خلق پروتئین‌هایی که طبیعت هرگز نساخته است!🧬

⏺تا اینجا فقط پروتئین‌های موجود را آنالیز می‌کردیم. اما گام‌های چهارم (T4) و پنجم (T5)، مرحله خلق کردن(Generation) هستند. اینجا جایی است که ما توالی یا ساختاری می‌سازیم که تکامل در طول میلیاردها سال هرگز نساخته است!

🔵مدل‌های تولید توالی (مثل ProteinMPNN) می‌توانند یک اسکلت سه‌بعدی را دریافت کنند و دقیقاً به ما بگویند چه توالی اسیدآمینه‌ای از نظر ترمودینامیکی روی این اسکلت پایدار می‌ماند.

🔎در واقع برسی می کنیم چه توالی اسیدآمینه‌ای روی این قالب کمترین سطح انرژی را دارد و پایدار می‌ماند یعنی به جای طی کردن مسیر سنتیِ توالی به ساختار، مهندسی معکوس می‌کنیم
🔵از طرف دیگر، مدل‌های تولید ساختار و توالی (مثل RFDiffusion) بر اساس "مدل‌های انتشار" کار می‌کنند؛ یعنی از یک فضای نامفهوم و تصادفی شروع می‌کنند و مرحله‌به‌مرحله آن را تغییر می‌دهند تا به یک اسکلت پروتئینی کاملاً معتبر و جدید تبدیل کنند.

❓هوش مصنوعی می‌تونه میلیون‌ها طرح جذاب روی سیستم بهمون بده، اما از کجا بفهمیم کدومشون تو لولۀ آزمایش هم کار می‌کنه و تبدیل به یه داروی رسوب‌کرده و بی‌مصرف نمی‌شه؟

🧪از فیلتر های بی رحمانه تا آزمایشگاه!
مشکل بزرگ طراحی کامپیوتری این است که پروتئینی که در سیستم کاملاً پایدار به نظر می‌رسد، ممکن است در محیط واقعی آزمایشگاه نامحلول باشد، رسوب کند، یا سیستم ایمنی بدن را تحریک کند!

💻اینجاست که گام ششم (T6) یا "غربالگری مجازی" اهمیت پیدا می‌کند. مدل‌های هوش مصنوعی (مثل DeepSoluE یا AggreProt) از بین میلیون‌ها طراحی، آن‌هایی را که قابلیت توسعه بالاتری دارند (مثلاً حلالیت بهتر یا ایمنی‌زایی کمتر) فیلتر می‌کنند.

🏁در نهایت در گام هفتم (T7)، توالی پروتئینی منتخب باید به توالی نوکلئوتیدی (DNA) ترجمه شود. ابزارهایی مثل CodonTransformer توالی ژن را طوری تغییر می‌دهند که مثلاً اگر قرار است پروتئین ما در باکتری E.coli ساخته شود، باکتری بتواند آن را با بالاترین سرعت و بدون خطای ترجمه تولید کند.

🏆همه این هفت مرحله در تئوری فوق‌العاده به نظر می‌رسند! اما آیا تو دنیای واقعی هم این ابزارها توانستند با هم کار کنند و یک شاهکار زیستی بسازند؟
داستان این موفقیت را در پست آخر بخونید...

✔️لینک #مقاله

🧬در کانال آکادمی زیست اومیکس با ما همراه باشید…
| @BioOmics_Academy |

❓اگر بتوانیم تنها با خواندن یک ژن، شکل و عملکرد پروتئین حاصل از آن را پیش‌بینی کنیم، چه اتفاقی می‌افتد؟

🧠این دیگر فقط یک رؤیای علمی‌تخیلی نیست؛ هوش مصنوعی در حال رمزگشایی از یکی از پیچیده‌ترین زبان‌های طبیعت است: زبان پروتئین‌ها.

🔬از ژن تا ماشین مولکولی

ژنوم مانند کتابخانه‌ای عظیم، دستور ساخت هزاران پروتئین را در خود نگه می‌دارد. پروتئین‌ها ابتدا رشته‌هایی از اسیدهای آمینه‌اند؛ اما پس از تاخوردن، ساختاری سه‌بعدی پیدا می‌کنند که عملکردشان را تعیین می‌کند.

گاهی حتی تغییر یک اسیدآمینه می‌تواند پایداری پروتئین، فعالیت یک آنزیم یا تعاملات مولکولی را مختل کند. درست همین‌جا بیوشیمی، ژئومیکس و هوش مصنوعی به هم می‌رسند.

🧠هوش مصنوعی چگونه کمک می‌کند؟

مدل های هوش مصنوعی با بررسی حجم عظیمی از توالی‌های ژنی و پروتئینی، الگوهای پنهان آن‌ها را شناسایی می‌کنند. می‌توان هر پروتئین را مانند یک جمله تصور کرد؛ اسیدهای آمینه حروف آن‌اند و هوش مصنوعی در تلاش است «دستور زبان حیات» را یاد بگیرد.

یکی از مشهورترین نمونه‌ها AlphaFold است؛ سامانه‌ای که می‌تواند ساختار سه‌بعدی بسیاری از پروتئین‌ها را از روی توالی اسیدهای آمینه پیش‌بینی کند. ساختار پروتئین سرنخ‌های مهمی درباره عملکرد آن می‌دهد؛ درست مانند شکل یک قفل که می‌تواند ما را به کلید مناسب برساند.

البته ساختار، تمام داستان نیست. پروتئین‌ها حرکت می‌کنند، تغییر شکل می‌دهند و با محیط سلولی برهم‌کنش دارند؛ بنابراین پیش‌بینی‌های هوش مصنوعی همچنان به بررسی آزمایشگاهی نیاز دارند.

🧬از جهش ژنتیکی تا احتمال بیماری

ابزارهایی مانند AlphaMissense می‌توانند اثر احتمالی جهش‌هایی را ارزیابی کنند که باعث تغییر یک اسیدآمینه می‌شوند. این پیش‌بینی‌ها به پژوهشگران کمک می‌کنند واریانت‌های مهم‌تر را برای مطالعه انتخاب کنند؛ اما به‌تنهایی تشخیص پزشکی محسوب نمی‌شوند.

🚀آینده زیست‌شناسی همین‌جاست

ترکیب هوش مصنوعی با ژنومیکس، پروتئومیکس و بیوشیمی می‌تواند کشف دارو، طراحی آنزیم، شناسایی بیماری و پزشکی شخصی‌سازی‌شده را هدفمندتر کند.

شاید در آزمایشگاه آینده، الگوریتم‌ها ابتدا هزاران فرضیه را بررسی کنند و پژوهشگران سراغ امیدوارکننده‌ترین گزینه‌ها بروند.

اگر روزی بتوانیم اثر جهش‌های ژنتیکی را پیش از بروز بیماری پیش‌بینی کنیم، مرز میان «پیشگیری هوشمندانه» و «وابستگی بیش‌ازحد به الگوریتم‌ها» کجا خواهد بود؟

✔️لینک #مقاله

🧬در کانال آکادمی زیست اومیکس با ما همراه باشید…
| @BioOmics_Academy |

✏️معمای شکل و عملکرد
از توالی خطی تا ماشین‌های سه‌بعدی زیستی!🏗️

2️⃣قسمت دوم

🔍در پست قبل دیدیم که چطور توالی‌های اولیه را پیدا می‌کنیم.

🗡️حالا در گام دوم (T2)، باید ببینیم این توالی چطور تا می‌خورد. حتماً اسم AlphaFold2 به گوشتان خورده است. این ابزارها با استفاده از تاریخچه تکاملی (MSA)، ساختار پروتئین را با دقت شگفت‌انگیزی پیش‌بینی می‌کنند.

اما پروتئین‌ها در سلول تنها نیستند! ابزارهای جدیدتر مثل AlphaFold3 حتی می‌توانند برهم‌کنش پروتئین با DNA، RNA یا داروهای کوچک را هم شبیه‌سازی کنند (T2b)

⚙️گام سوم (T3) پیش‌بینی عملکرد است. حالا که شکل پروتئین را می‌دانیم، ابزارهایی مثل MaSIF جایگاه‌های اتصال (Binding sites) را پیدا می‌کنند و حتی پیش‌بینی می‌کنند که کدام بخش‌ها ممکن است دچار تغییرات پساترجمه‌ای (PTMs) مثل فسفریلاسیون شوند.

💡حالا که می‌تونیم ساختار و عملکرد پروتئین‌های موجود رو پیش‌بینی کنیم، چی می‌شه اگه بخوایم یه پروتئین "کاملاً جدید" که اصلاً تو طبیعت وجود نداره خلق کنیم؟

✔️لینک #مقاله

🧬در کانال آکادمی زیست اومیکس با ما همراه باشید…
| @BioOmics_Academy |

🧬فراتر از توالی؛ نگاهی به اپی‌ژنومیکس

🧪وقتی از ژنوم صحبت می‌کنیم، معمولاً به توالی DNA و اطلاعات ژنتیکی ذخیره‌شده در آن فکر می‌کنیم. اما آیا تنها خودِ توالی DNA تعیین می‌کند که یک ژن چه زمانی و به چه میزان بیان شود؟

💻اپی‌ژنومیکس به مطالعه‌ی مجموعه‌ای از تغییرات و سازوکارهای تنظیمی می‌پردازد که بدون تغییر در توالی نوکلئوتیدی DNA، الگوی بیان ژن‌ها را کنترل می‌کنند. به بیان ساده، اپی‌ژنوم را می‌توان لایه‌ای تنظیمی در نظر گرفت که مشخص می‌کند کدام بخش‌های اطلاعات ژنتیکی در یک سلول فعال یا خاموش باشند.

❗️از مهم‌ترین سازوکارهای اپی‌ژنتیکی می‌توان به متیلاسیون DNA و تغییرات پساترجمه‌ای هیستون‌ها اشاره کرد. متیلاسیون DNA، به‌ویژه در نواحی تنظیمی مانند پروموترها، می‌تواند با کاهش دسترسی ماشین رونویسی به DNA، بیان برخی ژن‌ها را سرکوب کند. از سوی دیگر، تغییرات هیستونی می‌توانند ساختار و دسترسی‌پذیری کروماتین را تغییر دهند و در نتیجه بر فعال یا غیرفعال شدن ژن‌ها اثر بگذارند.

🔎نکته‌ی مهم این است که اپی‌ژنوم یک سیستم کاملاً ایستا نیست. الگوهای اپی‌ژنتیکی می‌توانند تحت تأثیر عواملی مانند وضعیت سلولی، سن، تغذیه و برخی عوامل محیطی تغییر کنند. بنابراین، برخلاف توالی DNA که در طول زندگی یک فرد عمدتاً ثابت باقی می‌ماند، بسیاری از تنظیمات اپی‌ژنتیکی ماهیتی پویا و در مواردی برگشت‌پذیر دارند.

🧬 این ویژگی، اپی‌ژنومیکس را به حوزه‌ای مهم در پزشکی و زیست‌پزشکی تبدیل کرده است. اختلال در الگوهای اپی‌ژنتیکی می‌تواند با بیماری‌های مختلف، از جمله سرطان، ارتباط داشته باشد. ازاین‌رو، مطالعه‌ی این تغییرات می‌تواند به شناسایی زیست‌نشانگرهای جدید و توسعه‌ی رویکردهای درمانی هدفمند کمک کند.

🔬درک اپی‌ژنوم به ما نشان می‌دهد که اطلاعات ژنتیکی تنها در توالی DNA خلاصه نمی‌شود؛ بلکه نحوه‌ی دسترسی سلول به این اطلاعات و تنظیم بیان ژن‌ها نیز بخش مهمی از عملکرد یک سیستم زیستی است.

📝اما چگونه می‌توان این تغییرات را در مقیاس گسترده شناسایی و تحلیل کرد؟ و فناوری‌های نوین چگونه به ما کمک می‌کنند تا الگوهای اپی‌ژنتیکی را در سطح ژنوم بررسی کنیم؟

این موضوع را در اینفوگرافیک امروز بررسی می‌کنیم.

🧬 در کانال آکادمی زیست‌اومیکس با ما همراه باشید…
| @BioOmics_Academy |

👩‍🚀جستجو در کیهانِ پروتئین‌ها!

🧪آیا می‌دانستید طراحی یک پروتئین جدید، مثل پیدا کردن یک سوزن در کهکشان است؟

🧮بیایید با اعداد صحبت کنیم: برای یک پروتئین متوسط با 350 اسیدآمینه، حدود20³⁵⁰(یعنی 10⁴⁵⁵)توالی ممکن وجود دارد! این عدد از تعداد کل اتم‌های کیهان هم بیشتر است. پس چطور می‌توانیم از بین این فضای بی‌نهایت، پروتئینی بسازیم که دقیقاً کار مدنظر ما را انجام دهد؟

🧠اینجاست که هوش مصنوعی (AI) وارد عرصه می‌شود.

مقاله جدیدی که امروز بررسی می‌کنیم، نشان می‌دهد که AI چطور این جستجوی کورکورانه را به یک «نقشه راه عملی ۷ مرحله‌ای» تبدیل کرده است.

🔎گام اول (T1)، جستجو در طبیعت است. قبل از اینکه چرخ را از نو اختراع کنیم، ابزارهایی مثل Foldseek با تبدیل ساختار سه‌بعدی پروتئین‌ها به یک "کد ساختاری"، پایگاه‌های داده را هزاران بار سریع‌تر از روش‌های کلاسیک می‌گردند تا موتیف‌ها یا نواحی حفاظت‌شده مشابه را پیدا کنند.

✏️اما زمانی که یک توالی خام پیدا کردیم یا ساختیم، از کجا بفهمیم توی فضای سه‌بعدی سلول چه شکلی به خودش می‌گیرد و چطور تا می‌خورد؟

✔️لینک #مقاله

🧬در کانال آکادمی زیست اومیکس با ما همراه باشید…
| @BioOmics_Academy |

🔹امروز اولین جلسه رویداد جامع "ایمونولوژی ۳۶۱°" بزرگ‌ترین رویداد ایمونولوژی کشور با حضور اساتید و سرآمدان برجسته کشور برگزار خواهد شد…

کسب اطلاعات بیشتر:👇
🆔 @Biology_network_admin

| @Biology_Network |

🦠رویداد جامع "ایمونولوژی ۳۶۱°"

💉Immunology 361°

🤩 یک درجه فراتر از کمال در بی‌نظیر‌ترین رویداد ایمونولوژی تاریخ کشور، جایی که علم و صنعت دست در دست هم معجزه می‌آفرینند…

👨‍🏫سخنرانان:
👤دکتر شهرزاد شرکا
🔹استاد ایمنی شناسی دانشگاه شهید بهشتی و دبیر علمی رویداد

👤پروفسور سید داور سیادت
🔹استاد تمام انستیتو پاستور ایران و رییس زیرگروه میکروبیومولوژی فرهنگستان علوم پزشکی جمهوری اسلامی ایران

👤پرفسور رضا نصیری
🔹متخصص خون فوق تخصص بیماری‌های عفونی، همکار (عضو ارشد) کالج آمریکایی فارماکولوژی بالینی، و رئیس سابق سلامت جهانی در میشیگان

👤پروفسور علیرضا رنجبر
🔹استاد ممتاز بیماری‌های مولکولی و بالینی کودکان و نوجوانان، ایمونولوژی و‌ آلرژی مولکولی و بالینی و اخلاق پزشکی، بن، آلمان

👤پروفسور مرضیه ابراهیمی
🔹استاد ایمنی شناسی پزشکی پژوهشگاه رویان و مدیر شرکت دانش بنیان کیان ایمن سلول

👤دکتر محمد حسین کریمی
🔹استاد ایمنی شناسی دانشگاه علوم پزشکی شیراز و مدیر عامل سابق سازمان انتقال خون استان فارس

👤دکتر آلاله رضالطفی
🔹دکتری ایمونولوژی دانشگاه پزشکی ه‍انوفر آلمان و پژوهشگر پسا دکتری دانشگاه پزشکی هانوفر آلمان

👤دکتر محمد کاوئی
🔹دکتری تخصصی کارآفرینی و مشاور مدیرعامل شرکت ویرا واکسن شایا در حوزه توسعه بازار

👤دکتر الناز افشاری
🔹پسا‌دکتری ایمونوانفورماتیک، تولید و ارزیابی واکسن‌های نوترکیب از دانشگاه شهید بهشتی و عضو هیئت علمی دانشگاه

👤ساینا شگفتی
🔹دانشجو دکتری ایمونولوژی و ویروس شناسی در INRS کبک کانادا

📆زمان شروع جلسات: از جمعه ۲۹ مرداد ماه

💻در ۹ جلسه به صورت مجازی در بستر اسکای‌روم

🎖همراه با اعطای سرتیفیکیت انگلیسی از شبکه نخبگان ایران

🤝امکان شبکه‌سازی گسترده با افراد سرآمد این حوزه

🔗لینک ثبت‌نام

📝برنامه زمانی و موضوعات جلسات

❓سوالات متداول و تخفیف‌ها

کسب اطلاعات بیشتر:👇
🆔 @Biology_network_admin

🧬با ما همراه باشید…
| @Biology_Network |
| @BioLabscir |
| @UTBiologyAssociation |

🧬ابزاری قدرتمند برای تحلیل داده‌های زیستی؛ Galaxy⚙️

🔬ابزار زیستی Galaxy یک پلتفرم رایگان و دارای کد منبع در دسترس در حوزه بیوانفورماتیک است که از طریق مرورگر وب قابل استفاده می‌باشد. این ابزار برای کمک به پژوهشگران در تحلیل داده‌های زیستی طراحی شده و امکان انجام تحلیل‌های پیچیده را بدون نیاز به دانش برنامه‌نویسی فراهم می‌کند. محیط کاربری ساده و گرافیکی Galaxy باعث شده است که دانشجویان و محققان بتوانند به‌راحتی از آن استفاده کنند.

❓کاربرد اصلی Galaxy در تحلیل داده‌های ژنتیکی و مولکولی است. از این پلتفرم برای بررسی توالی DNA و RNA، شناسایی تغییرات ژنتیکی، تحلیل بیان ژن‌ها و مدیریت حجم زیادی از داده‌های زیستی استفاده می‌شود. Galaxy همچنین امکان ذخیره و اشتراک‌گذاری مراحل تحلیل را فراهم می‌کند و به پژوهشگران کمک می‌کند نتایج خود را با دقت بیشتری بازتولید کنند.

🔹این نرم‌افزار قابلیت طراحی و اجرای گردش‌کارهای خودکار برای تحلیل داده‌های زیستی را دارد و همین باعث شده انجام پروژه‌های بزرگ را سریع‌تر و دقیق‌تر کند.

✍️گردآورنده: نازنین شیرزاد

🌐 لینک مستقیم نرم‌افزار

⚙️ #بایوتولز #BioTools

🧬در کانال آکادمی زیست اومیکس با ما همراه باشید…
| @BioOmics_Academy |

🧬هنر D&D در بیوانفورماتیک
🔵Decode sequence & Design primer

👨‍🏫مدرس:
👤یارا الهی
⏺پژوهشگر مقطع دکتری رشته بیوتکنولوژی در دانشگاه USNW سیدنی استرالیا🇦🇺

📚سرفصل‌ها:

🔹مقدمه‌ای بر بیوانفورماتیک و تحلیل توالی‌های نوکلئیک اسید
🔹آشنایی با پایگاه‌های داده ژنی و نوکلئوتیدی
🔹جستجو، شناسایی و بازیابی توالی‌های DNA از پایگاه‌های داده زیستی
🔹بررسی ساختار ژن و عناصر عملکردی مرتبط
🔹جستجوی شباهت توالی‌ها با استفاده از BLAST
🔹آشنایی با فرمت‌های استاندارد ذخیره‌سازی توالی‌ها (FASTA و GenBank)
🔹معرفی نرم‌افزار Benchling و مدیریت داده‌های توالی
🔹بارگذاری، سازمان‌دهی و تحلیل توالی‌های DNA در Benchling
🔹هم‌ترازی و مقایسه توالی‌ها (Sequence Alignment) با نرم‌افزار AliView
🔹مروری بر اصول و کاربردهای واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR)
🔹اصول و معیارهای طراحی پرایمر
🔹طراحی عملی پرایمر و ارزیابی اختصاصیت آن در Benchling

📝در پروژه‌ علمی و عملی این کلاس، شناسایی ژن هدف تا طراحی پرایمر برای PCR با استفاده از Benchling را از صفر تا صد انجام خواهید داد.

💻در ۶ ساعت به صورت مجازی

⌛️زمان شروع جلسات: از شنبه ۶ تیر ماه

🎖همراه با اعطای سرتیفیکیت انگلیسی از شبکه نخبگان ایران

➕امکان همکاری در پروژه‌های انجمن زیست‌شناسی و اساتید در آینده ویژه افراد برتر

📊 رضایت از کلاس‌ها

🔗لینک ثبت‌نام

کسب اطلاعات بیشتر و ارتباط با ادمین:👇
🆔 @Biology_network_admin

🧬در کانال‌های انجمن علمی زیست شناسی و آکادمی زیست اومیکس با ما همراه باشید…
| @Biology_Network |
| @BioOmics_Academy |

👨‍⚕️ پیرو سخنرانی و تأکید جناب پروفسور سید داور سیادت بر ضرورت هوش مصنوعی در عصر علمی حاضر و آینده، بخصوص داده های اومیکس این کتاب از نشریه معتبر و بین‌المللی Springer تقدیم می‌شود.

📚 #کتاب «Machine Learning Methods for Multi-Omics Data Integration» درباره استفاده از روش‌های یادگیری ماشین برای ترکیب و تحلیل داده‌های زیستی مختلف مانند ژن‌ها، پروتئین‌ها و متابولیت‌ها است. این کتاب نشان می‌دهد چگونه هوش مصنوعی می‌تواند به کشف الگوهای بیماری، شناسایی نشانگرهای زیستی و بهبود تشخیص و درمان‌های شخصی‌سازی‌شده کمک کند و برای پژوهشگران حوزه‌های بیوانفورماتیک، پزشکی و علوم داده منبعی کاربردی است.

🧬در کانال‌های انجمن علمی زیست شناسی و آکادمی زیست اومیکس با ما همراه باشید…
| @Biology_Network |
| @BioOmics_Academy |

📝 این #مقاله با عنوان «Symbiotic symphony: Understanding host-microbiota dialogues in a spatial context» به بررسی رابطه‌ی پیچیده بین انسان و میکروارگانیسم‌های ساکن بدن (میکروبیوم) می‌پردازد. نویسندگان توضیح می‌دهند که انسان را نباید فقط یک موجود مستقل دانست، بلکه باید آن را یک هولوبیونت (مجموعه‌ای از سلول‌های انسانی و میکروب‌های همزیست) در نظر گرفت. میکروب‌های مفید بدن، به‌ویژه در روده، پوست و سایر بافت‌های پوششی، در تنظیم سیستم ایمنی، متابولیسم و حفظ سلامت نقش مهمی دارند. این تعامل یک‌طرفه نیست؛ بدن نیز با تنظیم محیط و سیستم ایمنی، روی بقای این میکروب‌ها اثر می‌گذارد.

💎 نکته‌ی اصلی مقاله این است که برای فهم بهتر بیماری‌ها و سلامت انسان، نباید میکروب‌ها و سلول‌های بدن را جداگانه بررسی کرد؛ بلکه باید محل دقیق و نحوه‌ی تعامل آن‌ها در بافت‌ها مشخص شود. نویسندگان بر اهمیت فناوری‌هایی مانند ترنسکریپتومیکس فضایی (spatial transcriptomics) تأکید می‌کنند که می‌تواند هم‌زمان فعالیت ژن‌های سلول‌های انسانی و میکروب‌ها را در جای واقعی‌شان بررسی کند. این روش می‌تواند در آینده به شناخت بهتر بیماری‌هایی مثل التهاب روده، عفونت‌ها و سرطان و طراحی درمان‌های دقیق‌تر کمک کند.

📌بنظر می‌رسد بنابر مطالعات و یافته های جدید، دنیا نیز به همان نتیجه رسیده که پروفسور سید داور سیادت در رویداد امروز اشاره کردند: «ژنوم میکروبیوم ما، ژنوم اکتسابی و ثانویه ماست و باید به آن توجه ویژه‌ای داشت.»

🧬در کانال انجمن علمی زیست شناسی با ما همراه باشید…
| @Biology_Network |

🇮🇷میراث پاستور: ارکستر میکروب‌ها برای سمفونی توسعه پایدار🦠

👤پروفسور سید داور سیادت
🔹استاد تمام انستیتو پاستور ایران
🔹رییس مرکز تحقیقات میکروبیولوژی
🔹رییس بخش سل و تحقیقات ریوی انستیتو پاستور ایران
🔹عضو وابسته و رییس زیرگروه میکروبیومولوژی فرهنگستان علوم پزشکی جمهوری اسلامی ایران
🔹عضو هیات مدیره انجمن پروبیوتیک و غذاهای فراسودمند ایران

📝سرفصل‌ها:
🔹مرور تاریخچه و تأثیرات علمی و اجتماعی انستیتو پاستور ایران
🔹نگرش جدید در مطالعات میکروبی و تعاریف جدید در بیماری‌های غیر‌واگیر و بیماری‌های واگیر‌دار
🔹میکروبیولوژی و توسعه پایدار
🔹دیتا ماینینگ و داده‌های اومیکس در میکروبیومولوژی
🔹میکروبیوم پلی میان علوم پایه و بالین
🔹چشم‌انداز آینده و وسعت کار علوم پایه با محوریت روش‌های نسل جدید
🔹از میکروبیوم تا الکتروم

🟢هدف نهایی، ترسیم چشم‌اندازی از فرصت‌های پژوهشی و فناورانه پیشِ رو و تبیین نقش میکروبیولوژی در حل چالش‌های سلامت، محیط‌زیست و توسعه در قرن حاضر است.

⏳زمان برگزاری: جمعه ۲۹ خرداد ماه، ساعت ۱۰ صبح

💻به صورت مجازی در بستر اسکای‌روم

💠لینک شرکت در جلسات در کانال‌های انجمن علمی زیست‌شناسی و انجمن علمی بیوتکنولوژی شبکه نخبگان ایران منتشر خواهد شد. برای شرکت در رویداد، در کانال‌ها عضو شوید.

🔗لینک ثبت‌نام

💰شرکت در جلسه برای عموم علاقمندان آزاد و رایگان است.

🧬در کانال‌های انجمن علمی زیست شناسی و بیوتکنولوژی با ما همراه باشید…
| @Biology_Network |
| @BioTech_Association |

⏺انتشار رایگان دوره کمک‌های اولیه و پیشرفته و احیای قلبی

⏺ضمن عرض تسلیت به مناسبت شهادت رهبر معظم انقلاب اسلامی و جمعی از فرماندهان و دیگر هم‌وطنان عزیزمان در تجاوز آمریکایی-صهیونی

با عنایت به شرایط فعلی و احتمال وقوع حملات و حوادث بعدی، آموزش‌های کمک‌های اولیه و پیشرفته و احیای قلبی "به صورت رایگان" برای تمامی دانشجویان و کادر درمان در کانال بله شبکه نخبگان ایران قابل استفاده است.

❗️جمع‌بندی آموزش‌های کمک‌های اولیه و پیشرفته و احیای قلبی

⏺ جلسه اول: ATLS
⏺ جلسه دوم: ATLS
⏺ جلسه سوم: ATLS
⏺ جلسه چهارم: ATLS
⏺ جلسه اول عملی: BLS
⏺ جلسه دوم عملی (بخش اول): ATLS
⏺ جلسه دوم عملی (بخش دوم): ATLS

⚠️با توجه به ضروریت موضوع، کمک به انتشار این آموزش‌ها گامی کوچک در راستای آگاهی‌بخشی و همدلی سراسری خواهد بود.

🇮🇷 با دعای سلامتی و پیروزی برای ایران و ایرانی

💠در شبکه نخبگان ایران با ما همراه باشید 🇮🇷
🌐 @IranElitesNet
❇️ @IranElitesNet

⏺اطلاعیه مهم | با توجه به اختلالات و احتمال ملی شدن اینترنت، جهت دنبال کردن فعالیت‌ها و محتواهای شبکه نخبگان ایران و تمامی زیرمجموعه‌های آن، کانال شبکه در پیام‌رسان‌ بله را دنبال نمایید:

🆔 https://ble.ir/IranElitesNet
🆔 https://ble.ir/IranElitesNet
🆔 https://ble.ir/IranElitesNet

سری اینفوگرافیک‌های علوم omics

1️⃣بخش اول

🧬دنیای زیست‌شناسی مدرن با کمک شاخه‌های مختلف اُمیکس مانند اپی‌ژنومیکس، ژنومیکس، ترنسکریپتومیکس، پروتئومیکس و متابولومیکس به محققان این امکان را می‌دهد که هزاران مولکول زیستی را به طور همزمان بررسی کنند و ارتباط میان آنها را کشف نمایند. در رویکرد multi omics، هر شاخه نقش خاص و متفاوتی برای درک سازوکار زیستی و بیماری‌ها ایفا می‌کند:

🔹اپی‌ژنومیکس (Epigenomics)
اپی‌ژنومیکس به مطالعه تغییرات شیمیایی و ساختاری می‌پردازد که روی DNA اثر می‌گذارند، بدون اینکه توالی ژنتیکی تغییر کند. این تغییرات (مانند متیلاسیون DNA و تغییرات هیستون‌ها) می‌توانند بیان ژن‌ها را کنترل کنند. اپی‌ژنومیکس نقش مهمی در رشد، بیماری‌ها و پاسخ به محرک‌های محیطی دارد.

🔹ژنومیکس (Genomics)
ژنومیکس علم مطالعه تمام DNA یا ژنوم یک موجود زنده است. در این شاخه، توالی ژنتیکی، جهش‌ها و تفاوت‌های ژنتیکی بین افراد بررسی می‌شود تا نقش ژن‌ها در ویژگی‌های فردی، زمینه‌های ژنتیکی بیماری و شناسایی اهداف درمانی کشف شود.

🔹ترنسکریپتومیکس (Transcriptomics)
ترنسکریپتومیکس بر بررسی تمام انواع RNAهای رونویسی‌شده از DNA در سلول یا بافت تمرکز دارد. این حوزه نشان می‌دهد که چه ژن‌هایی فعال هستند و در چه شرایطی رونویسی انجام می‌شود. تحلیل ترنسکریپتومیکس برای درک پاسخ سلول به محیط و وضعیت بیماری‌ها حیاتی است.

🔹پروتئومیکس (Proteomics)
پروتئومیکس به شناسایی و اندازه‌گیری کل پروتئین‌های تولیدشده در یک سلول، بافت یا موجود زنده می‌پردازد. این علم به بررسی ساختار، عملکرد و تعاملات پروتئین‌ها کمک می‌کند.

🔹متابولومیکس (Metabolomics)
متابولومیکس بر مطالعه متابولیت‌ها یا مولکول‌های کوچک شیمیایی که طی فرایندهای متابولیکی تولید یا مصرف می‌شوند، تمرکز دارد. این شاخه نمایی از وضعیت نهایی سلول (فنوتایپ) را ارائه می‌کند و می‌تواند برای تشخیص بیماری‌ها، پیگیری درمان، یا بررسی اثر مواد غذایی و داروها استفاده شود.

📝بعد از این معرفی کوتاه، در پست‌های بعدی به ‌بررسی دقیق‌تر و کاربردهای هر کدام از این موارد به تفصیل خواهیم پرداخت.
اگر علاقمند به زیست‌شناسی و فناوری‌های نوین هستید، حتما پست‌های بعدی ما را دنبال کنید!

🧬در کانال آکادمی زیست اومیکس با ما همراه باشید…
| @BioOmics_Academy |

👨‍💻کلاس درس یادگیری ماشین برای بیوانفورماتیک

🏛 دانشگاه صنعتی شریف

👤دکتر علی شریفی زارچی
⏺عضو هیئت ‌علمی گروه هوش ‌مصنوعی و بیوانفورماتیک دانشکده مهندسی کامپیوتر
⏺رئیس کمیته علمی المپیاد جهانی هوش مصنوعی

4️⃣جلسه چهارم: دسته بندی (Classification) و ساده‌ترین معماری شبکه عصبی مصنوعی به نام پرسپترون

#کلاس_درس👨‍🏫

🧬در کانال آکادمی زیست اومیکس با ما همراه باشید…
| @BioOmics_Academy |

📚کتاب ارزشمند «Bioinformatics Data Skills»؛ پایه‌های ضروری کار با داده‌های اومیکس

⌨️این کتاب نوشته‌ی Vince Buffalo یک راهنمای روشن برای افرادی است که می‌خواهند داده‌های زیستی، به‌ویژه داده‌های اومیکس، را دقیق و قابل‌اعتماد تحلیل کنند. نویسنده به‌جای پرداختن به مفاهیم پیچیده محاسباتی، روی مهارت‌های عملی تمرکز می‌کند: کار با خط فرمان، مدیریت فایل‌های حجیم، کنترل کیفیت داده‌های توالی‌یابی، ثبت مراحل تحلیل و ساخت جریان‌کارهایی که قابل تکرار باشند.

👨‍💻اهمیت این کتاب در اومیکس از این‌جاست که بخش عمدهٔ تحلیل، پیش از مدل‌سازی، پیش از رسم نمودار، و حتی پیش از ورود به R یا Python، در مرحلهٔ آماده‌سازی داده انجام می‌شود. Buffalo دقیقاً همین بخش را هدف می‌گیرد و نشان می‌دهد چگونه می‌توان داده‌های ژنومیکس، ترنسکریپتومیکس و سایر شاخه‌های اومیکس را تمیز، استاندارد و آمادهٔ تحلیل کرد. این مهارت‌ها پایهٔ هر پژوهش معتبر در حوزهٔ اومیکس هستند.

👥این کتاب برای دانشجویان، پژوهشگران و علاقه‌مندان به بیوانفورماتیک و علوم اومیکس مناسب است. متن کتاب ساده، منظم و کاربردی است و خواننده را با اصولی آشنا می‌کند که در هر پروژهٔ داده‌محور، از آزمایشگاه تا تحلیل نهایی، مورد نیاز خواهد بود.

#کتاب

🧬در کانال آکادمی زیست اومیکس با ما همراه باشید…
| @BioOmics_Academy |