AlphaFold 3 породил целое семейство «потомков»

У AlphaFold 3 (AF3) есть проблема не только научная, но и вполне практическая. Это первая закрытая модель в семье AlphaFold. Код программы опубликован, но установить AlphaFold 3 на свой компьютер и встроить его в собственный исследовательский пайплайн так просто не получится — в частности, “веса” модели не предоставляются всем желающим.

На это научное сообщество ответило ожидаемым образом — начало создавать собственные аналоги AF 3.

Самый заметный из них — Boltz. Его разработчики не просто воспроизвели возможности AF3, но и добавили то, чего самому AlphaFold не хватает: физические ограничения прямо во время генерации структуры. Например, модель штрафует стерические столкновения и нарушения стереохимии. А в Boltz-2 пошли ещё дальше и добавили предсказание энергии связывания белка с лигандом. Правда, здесь обещания пока выглядят убедительнее независимых проверок.

Появились и другие проекты: Protenix, OpenFold, NeuralPLexer, DragonFold. Они отличаются архитектурой, открытостью, доступностью серверов и специализацией.

И это, пожалуй, один из самых интересных эффектов AlphaFold 3: всего через два года после его выхода вокруг одной идеи уже возникла целая экосистема конкурирующих моделей. Больше об устройстве и возможностях AlphaFold 3 читайте в нашей новой статье, которую мы подготовили при поддержке Центрального университета.

#Биомолекула_инфографика