Вы удалили экземпляр, а память не освободилась. Причина может прятаться в дескрипторе: если он записывает проверенные экземпляры в обычный
dict, словарь сохраняет сильные ссылки. Сборщик мусора не удалит такие объекты, и утечка будет расти понемногу.Если хранить сами экземпляры всё-таки нужно, замените словарь на слабый:
import weakref
_seen = weakref.WeakKeyDictionary()
Слабый ключ не мешает сборщику удалить объект, когда на него больше нет сильных ссылок. Питонично: сообщаем, кого видели, но не берём опеку над его временем жизни.
В разборе Memory leakage in Python descriptors есть полный пример утечки и её исправления. Проверьте дескрипторы, которые копят экземпляры после валидации.