«Получается, написание научного текста начинается не с «написания текста», а с разборками с его содержанием через изучение того КАК это содержание формируется и КАК оно переносится в текст?»

Верно!

Цитируя отзыв участницы STUDIO: «когда знаешь «как писать», «что» приходит само собой» ;)