Если мне надо ребейзнуть свой бранч на свежий мастер я делаю так:

git fetch origin master:master && git stash && git rebase master  

Расскажу чуть подробнее о части git fetch origin master:master - она нужна чтобы получить свежий мастер не переключая ветку.

Обратите внимание на два раза master:master - если написать один раз git fetch origin master - вы только получите информацию о текущем состоянии удаленного мастера, но ваш локальный master не будет обновлен