При вменении ФНС "схемы дробления бизнеса" не всегда удается доказать обособленность деятельности субъектов предпринимательской деятельностью и деловую цель и, соответственно, необоснованность претензий ФНС.
В этом случае необходимо проверить, правильно ли ФНС исчислила налоговые обязательства при консолидации деятельности для целей налогообложения.

При исчислении налогов в ситуации с консолидацией деятельности для целей налогообложения действуют следующие правила:

1. При расчете налоговых обязательств исключаются внутригрупповые обороты налогоплательщиков, деятельность которых ФНС консолидирует для целей налогообложения - Определение Судебной коллегии по экономическим спорам Верховного Суда Российской Федерации от 17.10.2022 № 301-ЭС22-11144.

2. ФНС должна учесть расходы лиц, которых консолидирует – п.28 Письма ФНС от 10 марта 2021 г. № БВ-4-7/3060@

3. В случае, если в результате консолидации исчисляются налоги по ОСН, ФНС должна учесть вычеты по НДС лиц, которых консолидирует - Определение Верховного Суда РФ от 28.10.2019 № 305-ЭС19-9789, п.28 Письма ФНС от 10 марта 2021 г. № БВ-4-7/3060@.
При «налоговой реконструкции» трехлетнее ограничение на вычет НДС (п.2 ст. 173) не действует - Постановление Арбитражного суда Восточно-Сибирского округа от 03.10.2023 по делу № А10-133/2020, спор по «проблемным контрагентам».

4. В случае, если в результате консолидации исчисляются налоги по ОСН, НДС с выручки спецрежимников должен исчисляться из цены реализации (он «внутри» цены, а не сверх ее, т.е. ставка с 2026 года 22/122=18,03%, до 2026 года 20/120=16,67%) – п. 14 Обзора практики применения арбитражными судами положений законодательства о налогах и сборах, связанных с оценкой обоснованности налоговой выгоды, утвержденного Президиумом Верховного Суда РФ 13.12.2023, Определения Верховного Суда РФ от 28.10.2019 № 305-ЭС19-9789, от 10.11.2023 № 366-ПЭК23.

5. ФНС должна учесть налоги, уплаченные лицами, которых ФНС консолидирует - п.13 Обзора практики применения арбитражными судами положений законодательства о налогах и сборах, связанных с оценкой обоснованности налоговой выгоды, утвержденного Президиумом Верховного Суда РФ 13.12.2023, п.1.3. Письма ФНС России от 03.10.2023 № БВ-4-9/12603 "Обзор правовых позиций, сформированных ФНС России по результатам рассмотрения жалоб (апелляционных жалоб) налогоплательщиков", Определения Верховного Суда РФ от 23.12.2022 № 308-ЭС22-15224, от 21.07.2022 № 301-ЭС22-4481, от 23.03.2022 №№ 307-ЭС21-17087, 307-ЭС21-17713).

6. Если налоги, которые уплатили на спецрежимах лица, которых ФНС консолидирует, больше, чем сумма налога на прибыль, то остаток суммы идет в счет уменьшения налоговой обязанности по НДС - Определение Верховного Суда РФ от 17.10.2022 № 301-ЭС22-11144, п.10 Письма ФНС России от 29.07.2024 № БВ-4-7/8573@ «О направлении Обзора правовых позиций, отраженных в судебных актах Конституционного Суда Российской Федерации и Верховного Суда Российской Федерации, принятых во втором квартале 2024 года по вопросам налогообложения».