И вот мой разбор ситуации и в том числе некоторых советов.

Мне из ответов не очевидно, что это. На травлю не похоже (посмотрите у меня в Дзене в закрепах статью про признаки травли), а вот конфликт или непопулярность или и то и то - мне не очевидно  
Из ответов видна более сложная картина: девочка действительно испытывает социальное неблагополучие — почти все перемены одна, её периодически не принимают в игры, есть поддразнивания и закатывание глаз, дома она плачет и изменила привычное поведение. При этом активное негативное поведение исходит не от всего класса, а от нескольких детей; остальные относятся нейтрально. И одновременно у самой девочки, похоже, действительно есть трудности с построением отношений: командование, ревность, попытки контролировать дружбу, не всегда удачные способы присоединения к игре.
Мои рекомендации и комментарии по некоторым советам 

1. Наблюдать
Социометрия может дать полезную информацию о положении ребёнка в группе, но не прояснит до конца все аспекты отношений. Нужны наблюдения: кто что делает, насколько регулярно, есть ли устойчивое исключение, кто инициирует, кто присоединяется, меняется ли со временем соотношение сил.
Я бы завела на несколько недель очень простой журнал наблюдений: ситуация → кто участвовал → что произошло → реакция остальных → действия учителя. И попросила бы английского, физкультуры и ИЗО наблюдать за тем же. Это особенно важно, потому что наиболее проблемные эпизоды происходят на переменах.

2. Развести две задачи: безопасность и дружбу
Вот здесь я согласна с Анной. Школа не может и не должна обеспечить девочке подругу. Нельзя заставить другую девочку возобновить дружбу, приглашать её гулять или проводить с ней перемены.
Но школа вполне может требовать: в классе нельзя унижать, высмеивать, организовывать кампании «кто с ней не дружит», намеренно настраивать других, публично демонстрировать отвержение и т. п.. То есть цель не должна быть - сделать так, чтобы с Машей дружили. Скорее - сделать так, чтобы в нашем классе можно было с кем-то не дружить и при этом относиться к нему нормально и безопасно.

3. С девочкой действительно нужна отдельная работа
Из совета Натальи я бы взяла идею вернуть ребёнку возможность влиять на отношения, но не формулировки вроде «когда ты навязываешься — дети отстраняются». Для ребёнка, уже переживающего отвержение, это легко превращается в : «тебя отвергают потому, что ты неправильно себя ведёшь».
Лучше психологу или педагогу работать с конкретными социальными ситуациями:
«Как понять, что дети сейчас готовы принять тебя в игру?»
«Как можно предложить игру?»
«Что делать, если тебе сказали "нет"?»
«Как попросить, а не потребовать?»
«Как помириться после ссоры?»
«Как понять, что другому неприятно?»
И обязательно разыгрывать ситуации, а не только разговаривать о них.

4. Отдельно работать с бывшей подругой и мальчиками
Это важная мысль из комментария Натальи. Сейчас именно от бывшей подруги и нескольких мальчиков учитель видит поддразнивания и демонстративные реакции. Значит, общих классных часов недостаточно.
Нужны индивидуальные разговоры — не о том, что они обязаны дружить, а о границах допустимого:
«Ты имеешь право не дружить».
«Ты имеешь право выбрать другую компанию».
«Но есть способы показать человеку, что ты не хочешь сейчас играть, которые унижают его, а есть способы, которые не унижают. Давай разберём».
И отдельно выяснить их версию происходящего. Сейчас у нас очень много информации от девочки, её мамы и учителя и практически нет рассказа этих детей. 

5. Не делать бывшую подругу ответственной за благополучие девочки
Я бы прекратила попытки «вернуть дружбу». Судя по ответам, взрослые уже довольно долго организовывали совместные прогулки и объясняли девочкам, почему «не стоит бросать дружбу». Это может только усиливать сложившийся треугольник.
Бывшая подруга имеет право прекратить близкую дружбу. Девочка имеет право горевать из-за этого. Задача взрослых — помочь первой сделать дистанцирование не жестоким, а второй — пережить потерю отношений и построить новые.

Канал также дублируется в MAX