В 1998 году Лебедя выдавили из Москвы в Красноярск. Он победил на выборах и стал губернатором.

Будучи главой региона, Лебедь отменил приватизацию государственной собственности, прекратил бартерные расчеты между предприятиями и пополнил бюджет. В крае открывались храмы, кадетские корпуса, гимназии, шло активное строительство.

Однако для бизнеса Лебедь оставался человеком со стороны. После начала работы в крае у Лебедя возник конфликт с руководством «Норильского никеля». Комбинат давал около трети всех поступлений в краевой бюджет. Проведённая по инициативе губернатора проверка выявила серьёзные нарушения. Тогда комбинат зарегистрировали «Норильскую горную компанию» в Таймырском АО (тогда это был отдельный субъект, а не часть края), что дало возможность «увести» налоги. Также у Лебедя был конфликт с Анатолием Быковым, который контролировал КрАЗ. Быков поддержал Лебедя на выборах, однако после победы губернатор не поддержал желания бизнесмена взять под контроль большинство предприятий края. Сотрудники ФСБ, прибывшие из Москвы, собрали достаточно для осуждения Быкова, а КрАЗ перешел под контроль Дерипаски.