На должности секретаря Совбеза Лебедь подписал Хасавюрстовские соглашения – протокол о принципах определения основ взаимоотношений между Россией и Чечней. Итогом соглашений стало прекращение военных действий и вывод федеральных войск из Чечни, при этом вопрос о статусе территории был отложен до 31 декабря 2001 года. Подписанием Хасавюртовских соглашений завершилась первая чеченская война.

Во время работы над соглашением у Лебедя возник конфликт с Министром внутренних дел Анатолием Куликовым – он обвинил генерала в подготовке государственного переворота. 17 октября 1996 года Лебедя отправили в отставку.