Столетняя история Ярополча-Залесского трагически оборвалась во время монголо-татарского нашествия. В 1237–1238 годах войска хана Батыя вторглись в пределы Северо-Восточной Руси, разрушив как цветущие Владимир, Суздаль, Ростов, так и множество меньших городков. Не миновала эта участь и Ярополч.

Согласно археологическим свидетельствам, город подвергся нападению монгольской рати около 1238 года. На городище раскопано кладбище с массовыми захоронениями погибших защитников, что указывает на длительную оборону и большие потери. Однако силы были неравны. В итоге татаро-монголы прорвались в крепость, все постройки были сожжены.

После монгольского разорения город, как и многие другие пункты Северо-Восточной Руси, уже не смог вернуть себе прежнего значения. Возможно, небольшая часть уцелевших жителей спаслась бегством, а позже вернулась на родные места Археологи полагают, что жизнь в какой-то форме теплилась здесь и в последующие десятилетия, но уже не внутри сожжённого городища, а на его окраинах – за пределами старых валов.

Город в полном смысле слова перестал существовать, не было восстановлено ни укреплений, ни городского самоуправления. Ярополч превратился в обычное селение, хотя имя его по инерции ещё сохранялось за округой.

Помимо монгольского погрома, свою роль в окончательной утрате городом значения сыграли последующие политические и экономические перемены. В 14–15 веках центр жизни северо-восточных земель переместился к Москве. Малые волостные центры вроде Ярополча оставались на обочине крупных событий и торговых путей.

Тем не менее, поселение на месте Ярополча продолжало существовать вплоть до начала Нового времени. Известно, что через Ярополч проезжал князь Дмитрий Пожарский, поднимая ополчение против польских интервентов, и часть местных жителей примкнула к его отряду.

Окончательный же конец старому Ярополчу принесло стихийное бедствие, разрушительный пожар. 1 июня 1703 года в деревянном посаде вспыхнул огонь, который уничтожил селение.