Чердынь нередко называют воротами Пармы, и некогда эти ворота открывал Иоанно-Богословский монастырь. Основанный в 1462–1463 годах святым Ионой Пермским, он стал одним из первых монастырей на Урале и первым каменным строением края.​

Выбор места был символичен: деревянная крепость Чердыни ещё только намечалась ниже по течению, а монахи уже поставили кельи на отдельном холме, позже названном Монастырским. Первоначальная церковь Иоанна Богослова была рублена из сосны, но уже к 1624-му опись фиксирует каменный «шатровый верх».

Обитель быстро обрела влиятельных покровителей. Иван IV даровал монастырю грамоту с широкими иммунитетами, которую подтверждали цари вплоть до Михаила Фёдоровича.​ Но нынешний белый храм обязан своим видом более приземлённым благодетелям. После пожара 1700 года сибирский губернатор Матвей Гагарин прислал на стройку пленных шведов-каменщиков. Под их руками с 1704 по 1718 год выросла двухэтажная кирпичная церковь: зимний нижний храм Иоанна и летний верхний Вознесенский, увенчанный маленькой звонницей прямо над сводом.​

Белые гладкие стены без лишней резьбы перекликаются с московскими центрическими храмами 18 века, но главное чудо кроется в планировке. Колокольня вмонтирована в восьмигранный барабан, а высокий подклет со стороны реки превращает всю постройку в своеобразную цитадель.

Екатерининская секуляризация лишила монастырь земель. Уже в 1784 году он был официально закрыт, а церковь стала приходской. Второе дыхание пришло в 1910-м, когда по прошению епископа Палладия здесь открыли женскую обитель. Игумения Руфина за восемь лет отстроила корпуса, вела приют для сирот Первой мировой.

После короткого советского закрытия (1939–1946) храм снова стал приходским, единственным неперерывно действующим в Чердынском округе. В 2003 году, к 540-летию основания, на Монастырском холме совершили первую за века архиерейскую литургию, а год спустя Священный Синод восстановил здесь мужскую обитель.

Сегодня монастырь живёт размеренным северным ритмом, совмещая богослужение с пчеловодством и иконописной мастерской. Среди святынь частицы мощей Ионы Пермского и ковчег новопрославленных пермских мучеников.