Господи! Случилось чудо! Не прошло и 10-и лет, как в телеграм-десктопе при удалении сообщения автоматом стала ставиться галка "удалить и для собеседника тоже". Это ровна одна строчка в коде, но на сколько удобнее!
А главное теперь не случится такое, что ты удалишь сообщение только у себя и потом думай как его удалить у собеседника.