ClickHouse была внутренней разработкой «Яндекса» для задач «Яндекс.Метрики». Первый прототип системы появился в 2009 году. В 2021-м «Яндекс» создал компанию ClickHouse в партнёрстве с фондами Benchmark Capital и Index Ventures и с инвестициями в $50 млн.