SpentaGen

🧬 This Month at Spentagen: AI Agents in Biology

we're diving into one of science's hottest frontiers;
where AI goes beyond being a simple tool and becomes an autonomous agent that can think, plan, and design experiments.

Biological data (genomes, proteins, cells) is far too complex for humans to analyze alone.

These AI agents can:

• Build hypotheses and test them independently
• Design and run lab experiments
• Uncover hidden patterns in raw data

💬 What do you think is the most important thing an AI Agent can do in the lab?

#AIAgents #AI

Instagram / Linkedin / Website

🔬 محور آموزشی مهرماه در اسپنتاژن؛ AI Agent ها در زیست‌شناسی

مهرماه امسال رو به یکی از داغ‌ترین مرزهای علم اختصاص دادیم:
جایی که هوش مصنوعی از یک ابزار ساده فراتر می‌ره و به یک عامل مستقل (Agent) تبدیل می‌شه که می‌تونه فکر کنه، برنامه‌ریزی کنه و آزمایش طراحی کنه.


داده‌های زیستی (ژنوم، پروتئین، سلول) اون‌قدر پیچیده‌ست که انسان به‌تنهایی از پس تحلیلشون برنمیاد.
این agentهای هوش مصنوعی می‌تونن:

• فرضیه بسازن و خودشون تست کنن
• آزمایش‌های آزمایشگاهی رو طراحی و اجرا کنن
• از داده‌های خام، الگوهای پنهان رو بیرون بکشن

به نظرتون مهم‌ترین کاری که یک AI Agent می‌تونه در آزمایشگاه انجام بده چیه؟

#AIAgent #AI

Instagram / Linkedin / Website

🧬 رمزگشایی از DNA تنظیمی!

برای اولین بار، دانشمندان نقشه‌ای بینظیر از ۱۲ اندام جنین انسان تهیه کرده‌اند که نشان می‌دهد دقیقاً کدام بخش‌های DNA در هر سلول قابل خوانش هستند. 🧑‍🔬
.
اما شگفتی واقعی اینجاست که هوش مصنوعی، دستور زبان پنهان این باز و بسته شدن‌ها رو کشف کرد؛ قوانینی سخت و نرم که تعیین می‌کنن کروماتین باز شده یا قفل بماند!! 🤖🔓
.
حالا می‌دونیم که یک تغییر کوچیک در چیدمان این موتیف‌ها، می‌تواند کل برنامه‌ی رشد یک سلول را تغییر بده. 🔄
.

به نظرتون، بررسی این موتیف‌های تنظیمی چه کاربردی در پزشکی آینده می‌تونه داشته باشه؟ 🏥

🧬 Decoding Regulatory DNA

Every cell holds a library of genetic instructions 📚
.
but not all pages are open!
For the first time, scientists have mapped open DNA across 12 human fetal organs, revealing exactly which regions are readable in each cell.
.
The real surprise? 🤔
An AI model learned the hidden grammar of DNA; hard and soft rules that decide when chromatin opens or stays locked.

Read more on SpentaGen Website:

Instagram / Linkedin / Website

✔️ Prof. Olga Vitek | پروفسور اولگا ویتک

🔗 Raymond Bradford Bradstreet Professor & Director of the Barnett Institute at Northeastern University

🔅 Academic & Industrial Background:

🔹 Raymond Bradford Bradstreet Professor in the Khoury College of Computer Sciences, Northeastern University
🔹 Director of the Barnett Institute for Chemical and Biological Analysis at Northeastern University
🔹 Former Faculty and University Faculty Scholar at Purdue University
🔹 Elected Fellow of the American Statistical Association and President-elect of the US Human Proteome Organization (USHUPO)

🎓 Educational Background:

▪️ Ph.D. in Statistics, Purdue University

📥 LinkedIn / Google Scholar

📌 Presentation Title | عنوان ارائه

~ Statistics, machine learning and AI for design and analysis of mass spectrometry imaging experiments

🌐 Language of Presentation

~ English | انگلیسی


#MachineLearning #MassSpectrometry #Bioinformatics #ArtificialIntelligence #HBC2026 #Presenters

Instagram / Linkedin / Website

✔️ Prof. Anshul Kundaje | پروفسور انشول کُنداژِی

🔗 Associate Professor of Genetics and Computer Science at Stanford University

🔅 Academic & Industrial Background:

🔹 Associate Professor of Genetics and Computer Science, Stanford University
🔹 Principal Investigator of the Kundaje Lab (Deep Learning for Genomics)
🔹 Member of Stanford Bio-X, Stanford Cancer Institute, and Wu Tsai Neurosciences Institute

🎓 Educational & Research Background:

▪️ Ph.D. in Computer Science, Columbia University
▪️ Postdoctoral Scholar, Stanford University
▪️ Former Research Scientist, MIT & Broad Institute

📥 LinkedIn / Google Scholar

📌 Presentation Title | عنوان ارائه

~ Decoding regulatory DNA with deep learning models

🌐 Language of Presentation

~ English | انگلیسی


#ComputationalBiology #DeepLearning #Genomics #AI #HBC2026 #Presenters

Instagram / Linkedin / Website

✔️ Prof. Kathryn Roeder | پروفسور کاترین رودر

🔗 UPMC Professor of Statistics and Life Sciences at Carnegie Mellon University

🔅 Academic & Industrial Background:

🔹 Professor of Statistics and Data Science, Carnegie Mellon University (CMU)
🔹 Professor of Computational Biology, CMU
🔹 Elected Member of the National Academy of Sciences (NAS)

🎓 Educational Background:

▪️ Ph.D. in Statistics, The Pennsylvania State University
▪️ B.S. in Wildlife Resources, University of Idaho

📥 Google Scholar


📌 Presentation Title | عنوان ارائه

~ Genomic Inferences in the era of black box predictions


🌐 Language of Presentation

~ English | انگلیسی



#Genomics #StatisticalInference #MachineLearning #DeepLearning #HBC2026 #Presenters

Instagram / Linkedin / Website

✔️ Dr. Mohieddin Jafari | دکتر محی‌الدین جعفری

🔗 Principal Investigator (PI) & IAS Senior Research Fellow at the University of Helsinki

🔅 Academic & Industrial Background:

🔹 Principal Investigator, Systems Pharmacology Group
🔹 Faculty Member, Dept. of Pharmacology, Faculty of Medicine, University of Helsinki, Finland
🔹 Faculty Member, Faculty of Medicine and Health Technology, Tampere University, Finland

🎓 Educational Background:

▪️ Docent in Bioinformatics
▪️ Ph.D. in Proteomics


📥 LinkedIn / Google Scholar


📌 Presentation Title | عنوان ارائه

~ SOORENA: Systematic Discovery of Autoregulatory Nodes in Biological Networks


🌐 Language of Presentation

~ English | انگلیسی


#Bioinformatics #SystemsPharmacology #Proteomics #MachineLearning #HBC2026 #Presenters

Instagram / Linkedin / Website

رویداد HBC2026 فراتر از یه سمیناره !

علاوه بر ۳ روز محتوای علمی فوق‌العاده و به روز فرصت داری تا :

❓ پاسخ سوالات دقیقی و تخصصیت رو از اساتید تراز اول جهان دریافت کنی.

عضو کامیونیتی HBC2026 باشی !
✅ ارتباط با جامعه‌ی علمی فعال
✅ تخفیف‌های ویژه برای رویدادهای آینده‌ی اسپنتاژن و RSG
✅ دسترسی به شبکه‌ای از پژوهشگران و متخصصان
📜 امتیاز دریافت گواهی معتبر حضور در سمینار پیشرفته HBC

🔗 برای ثبت‌نام، اینجا کلیک کن



—————————-
🧬 A Scientific Community

HBC2026 offers more than access to cutting-edge scientific discussions.

By joining the HBC2026 community, you will have the opportunity to:

🔹 Connect with an active scientific community

🔹 Strengthen your scientific communication skills in an international environment

🔹 Ask specialized questions and gain insights directly from distinguished speakers

🔹 Access exclusive benefits for future SpentaGen and RSG scientific events

Participants will also receive a Certificate of Attendance.


Registration link

#HBC2026 #ComputationalBiology #ScientificCommunity

🧠 What is a Black Box Model?

An AI model that takes input and delivers output—
but you cannot see what happens inside! 🤯

But you have no idea how it reached that conclusion! 🤷‍♂️

🔥 Here's the real challenge...
Can we trust black box predictions in genomics?
How do we handle errors from missing data?
And most importantly, how do we make these models interpretable?

___

مدل جعبه‌سیاه یعنی چی؟

یه مدل هوش مصنوعی که ورودی می‌گیره و خروجی می‌ده،

🔹 به مدل می‌دی: "این داده‌های ژنتیکیه"
🔹 مدل می‌ده: "احتمال این بیماری اینقدره"

اما نمی‌دونی چطور به این نتیجه رسیده! 🤷‍♂️

چطور می‌تونیم خطاهای ناشی از داده‌های ازدست‌رفته رو مدیریت کنیم؟
و اصلاً، چطور می‌تونیم این مدل‌ها رو تفسیرپذیر کنیم؟

🎤 یکی از سخنرانان HBC2026 قراره ما رو با این چالش بزرگ در حوزه‌ی ژنومیک و هوش مصنوعی روبرو کنه:

✔️ Prof. Kathryn Roeder
🔗 UPMC Professor of Statistics and Life Sciences
🏛 Carnegie Mellon University


🔗 Registration link for HBC2026:
https://spentagen.com/hbc2026 🚀


Instagram / Linkedin / Website

SpentaGen pinned a photo

✔️ Prof. Marcus Kaiser | پروفسور مارکِس کایزر

🔗 Professor of Neuroinformatics at the University of Nottingham

🔅 Academic & Industrial Background:

🔹 Co-director of the Centre for Neurotechnology, Neuromodulation, and Neurotherapeutics
🔹 Chair of Neuroinformatics UK
🔹 Chair of the Neuroinformatics SIG of the British Neuroscience Association (BNA)
🔹 Fellow of the Royal Society of Biology (FRSB)
🔹 Member of the Medical Research Council (MRC) Data Science Advisory Group
🔹 Author of the book 'Changing Connectomes'


📥 LinkedIn / Google Scholar


📌 Presentation Title | عنوان ارائه

~ Non-invasive Neuromodulation: Challenges and Solutions for At-home Devices

🌐 Language of Presentation

~ English | انگلیسی


#Neuroinformatics #Neuromodulation #MentalHealth #BrainStimulation #HBC2026 #Presenters

Instagram / Linkedin / Website

✔️ Prof. Heidi Rehm | پروفسور هایدی رم

🔗 Chief Genomics Officer at Massachusetts General Hospital & Professor of Pathology at Harvard Medical School

🔅 Academic & Industrial Background:

🔹 Professor of Pathology, Harvard Medical School
🔹 Chief Genomics Officer, Massachusetts General Hospital (MGH)
🔹 Institute Member at the Broad Institute of MIT and Harvard

🎓 Educational Background:

▪️ Ph.D. in Genetics, Harvard University
▪️ M.S. in Biomedical Science, Harvard Medical School

📥 LinkedIn / Google Scholar


📌 Presentation Title | عنوان ارائه
~ Global Strategies to Decipher Rare Disease

🌐 Language of Presentation

~ English | انگلیسی



#Genomics #RareDisease #DataSharing #HBC2026 #Presenters

Instagram / Linkedin / Website

🎤 Ready to meet the best?

The 3rd HBC Advanced Seminar brings together 10 international speakers from the world's most prestigious universities, ready to introduce you to the latest research in healthcare, bioinformatics, and computational biology🔥


📆 But before the event...

Would you like to get to know each of these speakers better and see what exciting topics they'll be sharing with us?

📢 Today, around 6 PM (IRST), we'll kick off the first introductions...

HBC2026 🚀

#HBC #HBC2026 #ScientificEvent #SpentaGen #RSGIran

Instagram / Linkedin / Website

🚀HBC 2026

📣 شاخه دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران، با همکاری SpentaGen برگزار می‌کند:
.
سومین سمینار پیشرفته‌ی (HBC2026) HBC
Healthcare, Bioinformatics, and Computational Biology
.
🌍 با حضور پژوهشگران و اساتید بین‌المللی در حوزه‌های سلامت، بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی🧬👨🏻‍💻
.
🔥 10 سخنران از مراکز علمی معتبر جهان 🌐🎤
💻 3 روز برنامه‌ی علمی »» به‌صورت آنلاین
📃 همراه با ارائه گواهی شرکت در رویداد
🗓 11 تا 13 سپتامبر 2026
.
🎯 ثبت‌نام زودهنگام با تخفیف ویژه!
⚠️ ظرفیت تخفیف زودهنگام رویداد محدود به ۱۰۰ نفر (برای شرکت‌کنندگان ایرانی و بین‌المللی می‌باشد).
.
🔗 کد تخفیف «ثبت نام زودهنگام» رویداد: hbc2026

🔹همین الان از اینجا ثبت نام کن:

https://spentagen.com/hbc2026

🧬فصل بعد از اینجا آغاز می‌شه🔥

Instagram / Linkedin / Website

HBC 2026 🚀

Three days 📅
One shared language: science.
.
📣 The Iranian Student Branch of the International Society for Computational Biology (ISCB-RSG-Iran), in collaboration with SpentaGen, presents:
.
🔠 The 3rd HBC Advanced Seminar (HBC2026)
Healthcare, Bioinformatics, and Computational Biology
.
🌍 Featuring international researchers and professors across healthcare, bioinformatics, and computational biology 🧬👨🏻‍💻
.
🔥 10 speakers from leading academic and research institutions worldwide 🌐🎤
💻 3 days of scientific sessions »» held online
📃 Certificate of Attendance included
🗓 September 11–13, 2026
.
⚠️ Early bird capacity is limited to 100 participants (for both Iranian and international attendees).
.
🔗 Discount code for early bird registration: hbc2026
.
🔹 click here to register now:

https://spentagen.com/hbc2026

🧬 The next chapter starts here ✨
.
#HBC2026 #advancedseminar #computationalbiology

Instagram / Linkedin / Website

🧬ساخت پروتئین عملیاتی با AI!
.
دانشمندان دانشگاه واشنگتن مدل هوش مصنوعی MP4 رو ساختن که مستقیماً از پرامپت‌های متنی، پروتئین‌های جدید و فعال طراحی می‌کنه — بدون نیاز به هیچ ساختار شناخته‌شده‌ای.

✅ تأیید آزمایشگاهی: بیان، پایدار، فعال و حتی دارای ساختاری کاملاً جدید که در طبیعت دیده نشده!
.
این روش هنوز در ابتدای راهه، ولی دریچه‌ای تازه به دنیای برنامه‌نویسی مولکولی باز کرده.
.
📄 مطالعه بیشتر و دسترسی به منبع خبر در وبسایت اسپنتاژن
.
---------------------------------
.
🧬 From Plain Language to Functional Proteins!
.
.
University of Washington researchers have built MP4 — an AI model that takes text prompts and designs entirely new, working proteins from scratch.
.
❌No templates.
❌No known structures.
✅Just your words.

✅ Lab‑validated: expressed, stable, active, and one even revealed a never‑before‑seen protein fold!
Still early‑stage, but this opens a whole new door to molecular programming.
.
📄 Read more and find full article in SpentaGen website.
.
.

Instagram / Linkedin / Website

Proteomics – The Functional Blueprint of Cells

Proteomics is the comprehensive study of all proteins expressed in a cell, tissue, or organism at a given time. Unlike the stable genome, the proteome is highly dynamic and responsive to environmental cues, disease states, and therapeutic interventions.

It encompasses two main approaches:

🔍 Qualitative: Which proteins are present? (e.g., detecting EGFR and p53 in cancer)

📊 Quantitative: How abundant are they? (e.g., healthy vs. diseased, or pre- vs. post-treatment comparisons)

⚙️ Core Technology: Mass spectrometry (LC–MS/MS) – converting proteins into peptides for identification and quantification.

🎯 Proteomics bridges genomics and cellular function, playing a pivotal role in biomarker discovery, early diagnosis, and personalized medicine.
.
.
Instagram / Linkedin / Website

پروتئومیکس به مطالعه‌ی مجموعه‌ی کامل پروتئین‌های یک سلول یا بافت در یک بازه‌ی زمانی مشخص می‌پردازد. برخلاف ژنوم ثابت، پروتئوم پویا و وابسته به شرایط محیطی، بیماری و درمان است.
.
این حوزه دو رویکرد اصلی دارد:

🔍 کیفی: کدام پروتئین‌ها وجود دارند؟
(مثلاً شناسایی پروتئین‌های EGFR و p53 در سرطان)
.
📊 کمی: چه مقدار از هر پروتئین وجود دارد؟
(مقایسه‌ی شرایط سالم در برابر بیمار، یا قبل و بعد از درمان)
.
⚙️ ابزار اصلی: طیف‌سنجی جرمی (LC–MS/MS) که پروتئین‌ها را به پپتید تبدیل، شناسایی و کمی‌سازی میکند.
.
🎯 پروتئومیکس پلی است میان اطلاعات ژنتیکی و عملکرد واقعی سلول؛ نقشی کلیدی در کشف نشانگرهای زیستی، تشخیص زودهنگام و پزشکی شخصی‌سازی‌شده دارد.
.
مقاله آموزشی این موضوع به همراه منابع در وبسایت اسپنتاژن قرار داده شده که طریق لینک موجود در انتهای این پست میتونید مطالعه کنید👨🏻‍💻
.

اینجا از مفاهیم ساده دنیای  شناسی مدرن میگیم  تا از تکنیک‌های جدید جا نمونیم! همراه کانال باشید📢

.
.
.
Instagram / Linkedin / Website

✨ سی و هفتمین #ژورنال_کلاب شاخه دانشجویی انجمن جهانی زیست‌شناسی محاسباتی در ایران

📌موضوع:

ساختارهای مولکولی به‌مثابه ابر نقاط: زبانی نو برای زیست‌شناسی ساختاری

Molecular Structures as Point Clouds: A New Language for Structural Biology

👨🏻‍💻 سخنران: دکتر محمد طاهری

🗣️ دکتر محمد طاهری، دانش آموخته رشته بیوانفورماتیک از دانشگاه تهران است. حوزه تحقیقاتی او مدلسازی ریاضی سیستم‌های پیچیده زیستی و توسعه الگوریتم‌های محاسباتی الهام گرفته شده از سیستم‌های فیزیکی، هوش مصنوعی و یادگیری عمیق است.


⚙️ ایشان پروژه‌های متعددی در حوزه‌های زیست شناسی محاسباتی و بیوانفورماتیک انجام داده است از جمله: پیاده سازی و انتشار پکیج pastboon در R برای شبیه سازی شبکه های Boolean تصادفی پارامتری، پیاده سازی پایپلاین استخراج neoantigen از داده های ژنومیک و ترنسکریپتومیک و پایپلاین تشخیص زودهنگام تومور با استفاده از داده های cfDNA.

🖥 جهت آشنایی بیشتر با فعالیت‌ها و پروژه‌های تحقیقاتی او، می‌توانید به صفحه لینکدین و صفحه گوگل اسکالر ایشان مراجعه نمایید.

🗓 تاریخ: ۱۶ مرداد
🔜 ساعت: ۱۸ به وقت تهران

🔗لینک ثبت نام
🌐برگزاری به صورت آنلاین

بعضی مسیرها رو می‌شه با آزمون‌وخطا یاد گرفت؛
اما مسیر اپلای، ارزشش رو داره که آگاهانه شروع شود.

«اپلای آگاهانه» تلاشیه برای اینکه قبل از هر تصمیم، تصویر روشن‌تری از این مسیر داشته باشید.

📩 برای دریافت اطلاعات کامل، زمان برگزاری و نحوه ثبت‌نام، کافیه
به سایت زیر مراجعه کنید:

https://spentagen.com/2026/07/09/smart-apply/

Telegram | LinkedIn | Instagram