Аспирант Денис Потапов, работающий в Центре вычислительной физики и AIRI, опубликовал статью в Communications Chemistry (open access)
TLDR: Саггрегировали несколько экспериментальных баз данных фотофизических свойств для молекул в растворителе (длины волны максимумов поглощения, флюоресценции и квантового выхода в оптическом диапазоне), сгенерировали для них пространственные структуры и провели тестирование графовых нейронных сетей на этих данных.
Использование конформаций молекул вместо плоских молекулярных графов позволило побить предыдущие бейслайны из литературы более чем на 30%
Основные инсайты: Для хемоинформатических задач крайне важны физически обоснованные данные, причем качество работы растет от точности и сложности выбранного метода расчетов для получения конформации. Экспериментальные базы данных бывают очень грязными, пришлось лично несколько недель вычищать датасет с обращением к первоисточнику в статьях, чтобы избавиться от очень странных молекул в датасете. В результате собрали 26369 пар молекула/растворитель, и заменили/удалили при очистке более 1000 молекул.
Также в феврале Денис участвовал в подготовке заявки на РНФ "РАСТВОР: Растворимость, Анализ, Сольватация и Термодинамиĸа Водных и Органичесĸих Растворов" — очень надеемся, что его наработки пригодятся в случае поддержки проекта.
Post #152
535

- 🔥 17
- 👏 2