Заметочки
Кто хочет задать вопросы, прорекламиться - smallpharm@protonmail.com (почта с Mail.ru и корпоративных адресов может не дойти)
Место для дискуссий -
https://t.me/smallpharm_talk
Место для интересностей -
https://sponsr.ru/smallpharma/
Post #5791
646
Forwarded from Зоопарк из слоновой кости
#зоопарк_одобряет #дорогая_редакция
Свеженькая статья вPost Nature and Science Proceedings of the National Academy of Sciences от авторов из Сколтеха.
Слово авторам, в их же редакции (многабукаф, но оно того стоит):
Мы показали, как из шумных биологических данных можно извлечь физический параметр упаковки ДНК. Наши хромосомы в ядре всё время собираются в петли. Петли эти делает когезин — белковая машинка с очень двусмысленной биографией. Ещё не так давно про него в основном говорили как про консервативного трудягу, который держит вместе сестринские хроматиды после репликации. А теперь выясняется, что этот персонаж, возможно, большую часть жизни клетки занят совсем другим: непрерывно выпетливает геном и физически организует хроматин.
Главный метод, которым смотрят на трёхмерную организацию генома, называется Hi-C. Проблема в том, что Hi-C, как это часто бывает с модными биометодами, показывает не только свойства измеряемой системы, но и собственные экспериментальные закидоны: где подшили, где разрезали, где что слиплось, где рыбу заворачивали. В результате в сигнале намешано всё подряд.
Что сделали мы? Докрутили недостающую физику. Построили теорию, которая отдельно учитывает и полимерную природу ДНК с петлями, и биофизическую кухню самого Hi-C. То есть научились отделять устройство природы от артефактов прибора.
Оказалось, что в клетках млекопитающих плотность петель — примерно шесть на мегабазу, а значит, 60–70% всего генома сидят в петлях. То есть больше половины всей ДНК в клетке — это не абстрактный “генетический текст”, а вполне конкретная физическая конструкция, которую клетка всё время собирает, разбирает и пересобирает в режиме непрерывного молекулярного макраме.
Это интересно еще и потому, что сами петли случайны и динамичны, напрямую увидеть их трудно. В этом смысле теория работает как статистический микроскоп: позволяет восстановить свойства невидимой структуры по ее следам в усреднённых данных.
Важно это не только как абстрактный «архитектурный стиль» ДНК. Идея активного выпетливания моторами-когезинами возникла всего 10 лет назад в MIT. Если аж 60–70% генома — как теперь выясняется — находится внутри петель, то нарушения в работе когезина означают не локальный дефект, а масштабную перестройку всех хромосом. А это уже напрямую связано с нарушениями развития, работой иммунной системы, онкологией и, вероятно, многими другими биомедицинскими процессами.
По традиции отметим, что работа поддержана РНФ
PNAS A universal polymer signature in Hi-C resolves cohesin loop density and supports monomeric extrusion The genome is folded by molecular motors, yet how many motors are required to generate a single chromatin loop has remained unknown. In vertebrates... Свеженькая статья в
Слово авторам, в их же редакции (многабукаф, но оно того стоит):
Мы показали, как из шумных биологических данных можно извлечь физический параметр упаковки ДНК. Наши хромосомы в ядре всё время собираются в петли. Петли эти делает когезин — белковая машинка с очень двусмысленной биографией. Ещё не так давно про него в основном говорили как про консервативного трудягу, который держит вместе сестринские хроматиды после репликации. А теперь выясняется, что этот персонаж, возможно, большую часть жизни клетки занят совсем другим: непрерывно выпетливает геном и физически организует хроматин.
Главный метод, которым смотрят на трёхмерную организацию генома, называется Hi-C. Проблема в том, что Hi-C, как это часто бывает с модными биометодами, показывает не только свойства измеряемой системы, но и собственные экспериментальные закидоны: где подшили, где разрезали, где что слиплось, где рыбу заворачивали. В результате в сигнале намешано всё подряд.
Что сделали мы? Докрутили недостающую физику. Построили теорию, которая отдельно учитывает и полимерную природу ДНК с петлями, и биофизическую кухню самого Hi-C. То есть научились отделять устройство природы от артефактов прибора.
Оказалось, что в клетках млекопитающих плотность петель — примерно шесть на мегабазу, а значит, 60–70% всего генома сидят в петлях. То есть больше половины всей ДНК в клетке — это не абстрактный “генетический текст”, а вполне конкретная физическая конструкция, которую клетка всё время собирает, разбирает и пересобирает в режиме непрерывного молекулярного макраме.
Это интересно еще и потому, что сами петли случайны и динамичны, напрямую увидеть их трудно. В этом смысле теория работает как статистический микроскоп: позволяет восстановить свойства невидимой структуры по ее следам в усреднённых данных.
Важно это не только как абстрактный «архитектурный стиль» ДНК. Идея активного выпетливания моторами-когезинами возникла всего 10 лет назад в MIT. Если аж 60–70% генома — как теперь выясняется — находится внутри петель, то нарушения в работе когезина означают не локальный дефект, а масштабную перестройку всех хромосом. А это уже напрямую связано с нарушениями развития, работой иммунной системы, онкологией и, вероятно, многими другими биомедицинскими процессами.
По традиции отметим, что работа поддержана РНФ
- 👍 1
