Меж тем, правительство князя Голицына взялось за преобразования. Началась осторожная и очень медленная европеизация дворянства и системы управления. Голицын строил планы расширения России на юг, он искал выход к Черному морю и организовал с этой целью два Крымских похода в 1687 и 1689 годах.

Увы, они оказались безрезультатными, так как русская армия того времени имела слишком слабо развитую службу снабжения, которая не могла обеспечить войско во время долгих и тяжелых маршей по бесплодным сухим степям Причерноморья. Время для успешных походов в Крым пришло лишь в середине 1730-х годов, уже для реформированной Петром I русской армии.

После того, как в 1689 году Петру исполнилось 17 лет, он вступил в брак. По русскому обычаю это означало совершеннолетие, а значит Софья должна была отдать власть в руки законного царя. Но она совершенно не желала этого делать. Началась подготовка за дворцовому перевороту. 7 августа к Петру тайно пришли несколько стрельцов и сообщили, что на него готовится покушение.

В ночи, в одной рубашке и штанах Петр ускакал в Троице-Сергиев монастырь, где попросил убежища. И тут произошло настоящее чудо. Узнав, что царь покинул Москву к нему стали стекаться бояре, дворяне и стрельцы. Вскоре Софья лишилась поддержки правящего слоя и военной силы.

По приказу царя Петра, Софья была взята под стражу и заключена в монастырь, на правах привилегированной узницы. Когда стрельцы в 1698 году, пользуясь отсутствием Петра, отправившегося за границу, снова восстали, мятеж был подавлен. Софья, которая подозревалась в организации заговора, была пострижена в монахини. Она закончила жизнь в 1704 году в московском Новодевичьем монастыре.