مراحل درمان EMDR:
مرحله 1: مشاهده و برنامه ریزی برای درمان
در این مرحله، درمانگر پرونده ی مراجع را بررسی می کند و خصوصیاتی نظیر تحمل فرد در تحمل مواجهه با خاطرات آزاردهنده را مورد تحلیل قرار می دهد.

مرحله 2: آماده سازی
مقدمات، ارتباط گیری اولیه و زمینه ی اولیه برای شروع درمان مهیا می‌شود. آموزش تکنیک های خودکنترلی به مراجعه کننده.

مرحله 3: ارزیابی
درمانگر خاطرات آسیب زایی که باید به آن ها رسیدگی شود را شناسایی می کند. مراجع در این مرحله، تصویری را مرتبط با خاطرات خود انتخاب می کند و احساسات منفی و تغییرات جسمانی هنگام مواجهه با این خاطرات را نیز ثبت می کند. سپس باید یک خاطره ی خوب پیدا کنند که با آن جایگزین کنند.

مرحله 4: حساسیت زدایی
درمانگر، سعی می کند واکنش های آزار دهنده ی جسمی و روانی ای که مراجع هنگام فکر کردن به خاطرات مورد نظر تجربه می کند را کاهش دهد.

در این روند، درمانگر با جابجا کردن نگاه مراجع، هنگامی که به خاطرات آسیب زا فکر می کند، حساسیت زدایی را برای او تسهیل می کند.

مرحله 5: نصب
تمرکز این مرحله روی نصب افکار مثبتی است که مراجع در مرحله ی 3 مشخص کرده است.

مرحله 6: اسکن بدن
اسکن بدن یک تکنیک مراقبتی است که در آن، فرد بدن خود را از سر تا انگشتان پا اسکن به صورت ذهنی اسکن می کند تا متوجه تغییرات و واکنش های جسمی در بدن خود شود. در طول جلسه ی درمانی EMDR، درمانگر این واکنش های جسمی را برای مراحل بعدی مورد هدف قرار می دهد.

مرحله 7: بسته شدن
در پایان هر جلسه، درمانگر با استفاده از تکنیک های خود کنترلی که در مرحله 2 مشاهده شد، وضعیت مراجع را تثبیت می کند.

درمانگر همچنین در این مرحله برای مراجع، چیزهایی که در مدت زمان بین این جلسه تا جلسه بعدی باید انتظار آن را داشته باشد را توضیح می دهد. همچنین از مراجع می خواهد که تجربیات منفی ای که طی این مدت متحمل می شود را یادداشت کند تا در جلسه بعدی آن ها را مورد هدف قرار دهند.

مرحله 8: پایان جلسه
با ارزیابی مجدد در این مرحله که مرحله پایانی در هر جلسه EMDR به شمار می آید، درمانگر به بررسی تاثیرات این درمان تا کنون می پردازد.