ФНС пошла за теми, кто вышел из «Сколково» ради ИТ-льгот

В декабре на вебинаре я разбирал историю компаний, которые выходят из «Сколково», чтобы сохранить ИТ-льготы — чаще всего из-за ИТ-ипотеки. Тогда я говорил: схема выглядит логично, но официальной позиции ФНС по ней нет. Есть только устные «подайте уточнёнку» от инспекторов, а устный совет защитой не работает.

Дождались. ФНС предъявила претензии больше чем 50 бывшим резидентам «Сколково» — об этом написал РБК.

У тех, кто решил выходить, на конец 2025 года было два варианта, и оба плохие.

Выйти до 31 декабря 2025 — закрыть «сколковский» период старым годом. Но при утрате права на освобождение налоговая может потребовать вернуть неуплаченные налоги с начала отчётного периода, то есть за весь год.

Выйти в январе 2026 — вроде бы чище. Но непонятно, с какого момента вообще можно применять ИТ-льготы: ни практики, ни разъяснений на тот момент не было.

Сидишь в декабре с этими двумя вариантами, и ни один не хороший.

Суть претензии

Компания была резидентом «Сколково» и не платила налог на прибыль. В течение года это право потеряла: сама вышла, перестала соответствовать критериям или превысила лимиты. И в том же налоговом периоде пересела на ИТ-льготы из реестра Минцифры.

Раньше так делали спокойно, инспекторы сами советовали подать уточнёнку и заявить ИТ-ставку. Теперь ФНС развернулась: если ты слетел со «сколковского» освобождения в этом году, ИТ-ставку получишь только со следующего периода, а за текущий заплатишь полные 25% с прибыли (плюс НДС, если нет продукта в реестре российского ПО).

Причин у разворота две. В марте 2025 закончился мораторий на проверки ИТ-компаний, и налоговая вернулась в отрасль. Плюс дефицит бюджета: те же нормы начинают читать иначе. Отсюда и акты камералок, которые приходят через полгода после того, как сроки на проверку уже истекли.

Юридически всё не так однозначно

Многие выбрали второй, так как казалось, что риски меньше. В итоге ФНС выбрало максимально жёсткую трактовку, запрещающую фактически бывшим резидентам Сколково начать применять ИТ льготы до конца календарного года.

Налоговая опирается на статью 284 НК: утратил статус резидента — плати 25%. Но в той же статье есть оговорка «если иное не установлено настоящей статьёй». А «иное» там есть — специальная ставка для ИТ. Получается, закон сам отсылает к ИТ-льготе, и на этом может строиться защита.

Какой был правильный ответ?

Сейчас, когда результат перед глазами, ответ простой: не выходить из «Сколково» вообще. Применять сколковские льготы дальше и не переходить на ИТ-манёвр, пока нет ни практики, ни разъяснений.

Но задним умом все умные. В декабре 2025-го, без позиции ФНС, без актов и судебной практики, это было совсем не очевидно. Половина рынка считала переход нормальным, потому что инспекторы сами так советовали.

Поэтому эти 50 компаний еще смогут пободаться с ФНС за свои льготы, неоднозначные трактовки дают лазейку, чтобы отыграться.

Если вы сейчас не можете решить, что делать — оставаться, выходить, как быть с уже поданными декларациями — приходите на консультацию. У нас сильные ИТ-юристы и налоговики. Разберёмся в вашей ситуации и дадим нормальный ответ.