TGViewer
Pragmatic ML Pragmatic ML @pragmaticml · 393 subscribers
Post #13 613
Поучаствовал в прошлом месяце в UBC-Ocean сореве вместе с Димой. Больше ради того, чтобы вспомнить (а где-то и узнать), что там такого в компьютерном зрении происходит.

Суть соревнования простая — есть снимки проб человеческих тканей, надо распознавать тип рака.
Но, конечно, есть несколько нюансов:
— Есть два типа картинок: WSI (whole slide images) и TMA (tissue microarrays). TMA — это 40-кратный зум среза, при этом картинки “небольшого” размера — 4к на 4к. WSI же без зума, но и размер дичайший — в среднем 40к на 40к пикселей, самая большая — 50к на 105к, 4.7 Гб в uncompressed png. Довольно часто 50% картинки просто фон, надо было еще поискать, где на картинке клетки;
— Жуткий перекос распределения типа картинок в трейне (95% WSI и 5% TMA). При этом в тесте 50/50 соответственно.

Несколько мыслей по этому поводу:
— Не используйте PNG для хранения картинок в проде. Никогда. Это зло во плоти. Дорого, тяжело по памяти, не оптимизировано под современные реалии. Хотите сжатие без потерь — возьмите лучше tiff вместо PNG. Да, возможно, больше будет диска жрать, но скорость загрузки сильно приятнее;
— Всегда задавайтесь вопросом, насколько быстро работает ваш код, пройдитесь по нему профилировщиком. Если что-то, по вашему мнению, работает медленно — выясняйте, почему.

Пара полезных ссылок:
прекрасный рассказ от бывшего коллеги про transforms второй версии в torchvision. Пользуйтесь активнее, они вышли в стейбл, быстрее, чем первая версия, и, по моему субъективному мнению, быстрее, чем albumentations;
хороший бенчмарк по загрузке больших картинок, разобраны jpeg и tiff, я дописал этот бенч для png формата.
YouTube TorchVision Transforms V2 - Nicolas Hug | PyTorch Meetup #17 Speaker: Nicolas Hug, ML Research Engineer at Meta Meetup: https://www.meetup.com/london-pytorch-meetup/events/296913965/ #pyTorch #torchVision #pyTorchLondon #meetup
  • 👍 6
  • 🔥 3
More from @pragmaticml
  1. Feb 13, 2024Cloudflare — пример того, как нужно решать вопросики. Даже за вычетом их крутых продуктов,…
  2. Feb 3, 2024В одной из первых домашек курса Efficient Deep Learning Systems предлагается порешать мале…
  3. Feb 2, 2024На фоне того, что Цукерберг скупает сотни H100 для обучения новых версий LLama, все осталь…
  4. Jan 31, 2024Наверное, стоит отдельно рассказать про топ 1 решение Kaggle соревы из поста выше. Не буду…
  5. Jan 31, 2024Про аугментации. Я довольно давно не копался в CV. Последнее, что я помнил — albumentation…
  6. Jan 30, 2024Про бенчмарки загрузки png картинок. Ужасно сгорел, перебирая разные способы загрузки png…
Threads Profile ViewerView any public Threads profile without an account.Open ThreadLook →Writing with AI? Make it sound human.Metric37 rewrites AI drafts so they read naturally. Free AI detector, 1,500 words free.Try Metric37 →