Отличная статья о том, почему UUID является плохим выбором для первичного ключа. Не смотря на то что в статье обсуждается влияние на InnoDB, в MongoDB будут похожие проблемы. Но вместо различных ухищрений из статьи, в MongoDB уже есть отличный тип ObjectId

https://www.percona.com/blog/2019/11/22/uuids-are-popular-but-bad-for-performance-lets-discuss/