Kuvainraastajien harhaoppiin kuului myös pyhäinjäännösten kunnioituksen kieltäminen. Niinpä ikonoklasmia kannattanut keisari Konstantinos V Kypronymos (741-775) määräsi pyhän Eufemian jäännökset poltettaviksi. Ne ehdittiin kuitenkin pelastaa ja kuljetettiin Lemnoksen saarelle. Myöhemmin Leo IV:n (775-780) puoliso keisarinna Irene Ateenalainen haetutti ne takaisin Konstantinopoliin ja sijoitti ne taas entiselle paikalleen pyhän Eufemian kunniaksi rakennettuun kirkkoon.

Kun ristiretkeläiset valtasivat Konstantinopolin vuonna 1204, pyhän Eufemian reliikit pelastettiin ja vietiin väliaikaisesti säilytettäviksi Silivriaan itäiseen Traakiaan. Osmanivallan aikana niitä säilytettiin monessa eri kirkossa Konstantinopolissa. Kun kirkkoja muutettiin moskeijoiksi, reliikit sijoitettiin lopulta vuonna 1707 patriarkaatin Pyhän Georgioksen kirkkoon, jossa ne ovat tänäkin päivänä.

Turkkilaiset tuhosivat vuonna 1555 alkuperäisen Pyhän Eufemian kirkon ja rakensivat paikalle moskeijan. Kristityt kuljettivat kirkosta pelastamansa ikonit ja muut pyhät esineet Pyhän Vassan luostariin Khalkedonin lähelle. Luostarin nimikin muuttui Pyhän Eufemian luostariksi.

Vuoteen 1870 saakka pyhän Eufemian reliikeistä vuoti hänen juhlapäivänään veren sekaista mirhaa. Patriarkka, papisto ja kansa ja bysanttilaisena aikana myös keisari kerääntyivät vuosittain todistamaan tätä ihmettä. Patriarkka kastoi varren päässä olevan sienen mirhaan ja sitä jaettiin uskoville pienissä pulloissa. Näitä mirhaa sisältäviä pulloja on säilynyt meidän aikoihimme asti.