NeuroSyntax

در جلسه امروز بحث مدیریت مقالات شد. من 6 سال هست که از Sciwheel استفاده میکنم چون کار باهاش ساده است و به دلیل اینکه وبگاه خوبی داره از همه جا قابل استفاده است. توضیحات دیگر و روش استفاده رو در ویدیو گفتم.

آشنایی و آموزش مدیریت منابع متنی با Sciwheel برای مطالعه مقالات و ارجاع دهی

امکانات:
* ساخت کتابخانه های آنلاین از مقالات یا متون دیگر و به اشتراک گذاری این کتابخانه ها با سایر اعضای تیم
* مطالعه آنلاین متون و هایلایت کردن و کامنت گذاری و مشاهده کامنت سایر افراد تیم
* ارجاع دهی هوشمند در ورد بر مبنای استایل های ارجاع مختلف
* مشاهده توصیه و پیشنهاد اعضای هیئت علمی مطرح دنیا درباره مقالات
* پیدا کردن منابع مشابه با یک مقاله خاص
* وارد کردن کتابخانه های Mendely، Zotero و Endnote به Sciwheel
* داشتن نسخه تلفن همراه

سامان عباس پور: فارغ التحصیل کارشناسی بیولوژی مولکولی، دانشگاه فردوسی مشهد - دانشجوی دکتری علوم اعصاب سیستمی، دانشگاه وندربیلت آمریکا


#Software #Sciwheel #Bio
@SophyPhiliaAcademy #Saman

درود بر همگی همراهان،

در جلسه یکشنبه "حیات چیست؟" به بهانه خواندن کتاب اروین شرودینگر، تاریخچه ای از "ژن" رو مرور خواهم کرد. بسیاری از ما ژن رو با مدل واتسن و کریک میشناسیم اما ژن تاریخچه ای غنی تر و فراتر از این دو شخصیت علمی داره و پژوهشگران بسیاری در ایجاد مفهوم ژن و بدست آوردن ساختار ژنی و چگونگی وراثت نقش ایفا کردند که پیش از واتسن و کریک بودند. من به برخی از این شخصیت های گمنام تر خواهم پرداخت. در این تاریخچه همچنین مطرح خواهم کرد که مفهوم "ژن" به عنوان یک "کد" از کجا میاد و مفهوم "اطلاعات" ژنتیکی چه زمانی وارد واژگان علمی ما میشه.

#neurosyntax

درود بر همگی همراهان

در جلسه آینده آکادمی نوروسینتکس درباره هنر نوشتن بحث خواهیم کرد. در این جلسه بخصوص درباره "ترکیب بندی" بحث میکنیم و اینکه چطور واژگان و جملات در کنار هم قرار میگیرند تا یک متن منسجم، روان، و دقیق تولید کنند. ترکیب بندی فصلی جدا از دانش گرامر و واژگان هست که حتی انگلیسی زبانان نیز در آن نیازمند آموزش هستند. این جلسه برای گروه های زیر مفید خواهد بود:

- زبان آموزان ( بخصوص آنهایی که آزمون های انگلیسی مثل تافل، آیلتس و GRE دارند)

- دانشجویان که قصد نگارش پایان نامه، گزارش علمی دارند.

- پژوهشگرانی که قصد نگارش مقاله دارند.

زمان برگزاری: شنبه - ساعت شش
مکان برگزاری: آنلاین - نرم افزار زوم

آکادمی نوروسینتکس
کانال تلگرام: https://t.me/Neuro_Syntax

#neurosyntax
#scientificwriting
#neurosyntaxlab

نگارش علمی - قسمت اول - آناتومی مقالات علمی

در این مجموعه جدید درباره "هنر نگارش علمی" صحبت میکنیم و کوشش میکنیم مبانی نوشتن برای پژوهش های علمی رو بررسی کنیم.

محتوای این قسمت:

انواع مقالات علمی
آناتومی مقاله های پژوهشی
موشکافی محتوای بخش های مختلف یک مقاله (عنوان، چکیده، مقدمه، نتایج و بحث)
نقش نویسندگان مختلف مقاله

آکادمی نوروسینتکس
کانال تلگرام: https://t.me/Neuro_Syntax

#neurosyntax
#scientificwriting
#neurosyntaxlab

از هفته آینده در بوک کلاب تلسی قراره کتاب "حیات چیست؟" از اروین شرودینگر رو بخونیم.

دوستانی که میخوان توی جلسات شرکت کنن بهتره تا فصل 3 این کتاب رو بخونن برای جلسه آینده.

لینک کانال بوک کلاب

@the_maze2022

جلسه بعدی این بوک کلاب فردا (یکشنبه 9 دی ماه) ساعت 18 در کانال تلگرامی زیر برگزار می‌شه.

لینک کانال بوک کلاب

❗️❗️❗️

درود به همگی دوستان،

جلسه نخست "نگارش علمی" امروز، شنبه، ساعت شش و نیم برگزار خواهد شد.

لینک زوم پیش از جلسه در این کانال ارسال خواهد شد. برای ورود به جلسه ممکن است نیازمند وی پی ان باشید ولی پس از ورود به جلسه میتونید وی پی ان های خودتون رو خاموش کنید.

NeuroSyntax pinned a photo

در فصل دوم آزمایشگاه نوروسینتکس مقاله زیر را بررسی خواهیم کرد:

Spontaneous behaviors drive multidimensional, brainwide activity.

تحلیل های داده ای که خواهیم آموخت:

▫️چگونگی ثبت تصاویر فعالیت کلسیمی و آنالیز این تصاویر
- کار کردن با نرم افزار Suite2p برای پیش-پردازش داده های تصویربرداری کلسیمی مانند Image registration و ROI extraction

Suite2p: beyond 10,000 neurons with standard two-photon microscopy
github: https://github.com/Mouseland/suite2p


▫️پیش-پردازش داده های ثبت خارج سلولی (تمرکز بر مبانی Spike Sorting برای High-density recordings - با استفاده از نرم افزار Kilosort)

Spike sorting with Kilosort4
github: https://github.com/MouseLand/Kilosort

- ویرایش نتایج اتوماتیک الگوریتم ها با Phy
github: https://github.com/cortex-lab/phy

▫️آموزش کار کردن با Rastermap برای کشف الگوهای دیتا

Rastermap: a discovery method for neural population recordings
https://github.com/MouseLand/RasterMap

▫️آموزش کار با FaceMap برای پیدا کردن الگوهای رفتاری چهره

github: https://github.com/MouseLand/FaceMap

و بسیاری آنالیز های دیگر ...


بخشی از آنالیز های این مقاله پیشتر در ویدیوهای آموزشی بررسی شده:

- آموزش Support Vector Machines

- آموزش Singular Value Decomposition

اگر تمایل به همکاری در فصل دوم آزمایشگاه دارید، زیر این پست کامنت بذارید تا با شما تماس بگیرم.

#neurosyntax

درود به دوستان و همراهان

در موضوع پایانی از فصل نخست آزمایشگاه نوروسینتکس، به "مبانی نگارش علمی" خواهیم پرداخت. نگارش علمی، گام پایانی پژوهش و یکی از مهم‌ترین بخش‌های آن است. این هنر با تمرین و تجربه به دست میاد و هر پژوهشگر با گذر زمان سبک منحصر به فرد خود را در نوشتن پیدا می‌کند. اما مبانی مشترکی زیربنای تمامی این سبک ها هست.

در جلسات "مبانی نگارش علمی":

سبک‌های مختلف نگارش علمی را بررسی می‌کنیم.
انواع مقالات علمی را خواهیم شناخت.
انتظارات ژورنال‌های گوناگون از سبک نگارش را مرور می‌کنیم.

همچنین مبانی مشترکی که زیربنای نگارش علمی هستند، مانند:

▫️انتخاب واژگان مناسب،
▫️ساختاردهی به پاراگراف‌ها،
▫️و چگونگی ایجاد یک روایت منطقی میان پاراگراف‌ها،

را آموزش خواهیم داد.


زمان جلسات "مبانی نگارش علمی":

قسمت اول: شنبه، 6 بهمن، ساعت 18:30
قسمت دوم: شنبه، 13 بهمن، ساعت 18:30

مکان برگزاری: آنلاین (پلتفرم زوم)

#neurosynatax
https://t.me/Neuro_Syntax

درود بر همراهان،

از یکشنبه دو هفته آینده، خوانش کتاب "حیات چیست" اروین شرودینگر رو آغاز خواهیم کرد. این کتاب، که الهام بخش بسیاری از زیست شناسان بزرگ بوده، به گونه ای منسجم بسیاری از محتوایی که تاکنون در جلسات کتابخوانی بررسی شده رو کنار هم قرار میده، پرسش هایی درباره امکان حیات، ترمودینامیک حیات، به کار گیری مفاهیمی مانند کد و اطلاعات و ...

این کتاب رو سعی میکنیم طی نزدیک به یک ماه و تا پیش از شروع سال جدید تمام کنیم. مطالعه کتاب رو آغاز کنید تا در جلسات فعال تر باشید.

❗️❗️❗️ درود دوستان، این برنامه به دلیل کسالت مهمان این هفته برگزار نخواهد شد.❗️❗️❗️

درود به همگی دوستان

در جلسه این هفته "حیات چیست" که امروز ساعت شش بعد از ظهر برگزار خواهد شد به بررسی منشا حیات خواهیم پرداخت. آسیه علیخواه، پژوهشگر ژنتیک در پژوهشگاه بیوتکنولوژی TeloGenomic تورنتو کانادا، با تکیه بر کتاب The Vital Question: Energy, Evolution, and the Origins of Complex Life یکی از دیدگاه های چگونگی آغاز حیات را روایت خواهد کرد.

این جلسه بسیاری از مفاهیمی که در جلسات گذشته کار کردیم رو به هم پیوست خواهد داد برای نمونه انتروپی، انرژی آزاد، واکنش های خودبخودی و ....

#neurosynatax

درود به همگی دوستان و همراهان

ما تاکنون چهار جلسه از مجموعه "حیات چیست" رو برگزار کردیم. در این چهار جلسه کوشش کردیم مبانی ای رو بحث کنیم که در طی جلسات به اونها نیاز داریم. بدون شک ساختار و محتوای جلسات کوتاهی هایی داشته که امکان بهتر شدن داره.

اگر در جلسات شرکت کردید و یا فایل های آفلاین رو تماشا کردید دیدگاه های خودتون درباره جلسات رو زیر این پست قرار بدید. بر مبنای این دیدگاه ها برنامه ریزی ما تغییر خواهد کرد.

یکی از چیزهایی که داریم بررسی میکنیم تغییر کتاب انتخاب شده است. ما قرار بود کتاب Understanding Understanding رو در کنار هم بخونیم که در واقع مجموعه ای از مقالات هستن که بر پایه کنفرانس های سیبرنتیک نگاشته شدن. اما با توجه به بازخورد ها فکر میکنیم شاید این کتاب انتخاب مناسبی برای شروع مسیر نباشه. لیست دیگری از کتاب های مورد به پرسش اصلی "حیات چیست" جمع آوری کردیم که از میان آنها میخوایم انتخاب کنیم. دیدگاه های شما بسیار به ما کمک میکنه انتخاب درست تری انجام بدیم.

در کنار جلسات اصلی که یکشنبه ها برگزار خواهد شد ما سعی میکنیم درسگفتارهایی هم درست کنیم که کوتاه هستند و اطلاعاتی تکمیل کننده در رابطه با جلسات اصلی به شما میدن.

تمام این کوشش ها برای آشنایی مخاطب های فارسی زبان با گفتمان جریان های مهم علم در تاریخ اندیشه است. در نتیجه همراهی فعال شما بسیار ارزشمنده.

📌آزمایشگاه NeuroInk با همکاری انجمن علمی‌ دانشجویی زیست‌شناسی برگزار می‌کند:

🧠هفتمین جلسه ژورنال کلاب علوم اعصاب

📄موضوع:
Selecting one among the many

🧾لینک مقاله ها:
https://dl.acm.org/doi/abs/10.5555/889283

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/3836989/

https://ieeexplore.ieee.org/document/730558

https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10788654/

https://www.nature.com/articles/35058500

🗣 ارائه‌دهنده: ارشیا احمدزاده(دانشجوی کارشناسی زیست شناسی سلولی و مولکولی)

👨‍⚕️با نظارت سیدجواد ساغروانیان (پژوهشگر پسادکتری علوم اعصاب)

🕒 زمان: یکشنبه 23 ام دی‌ماه، ساعت 12 الی 14

🏢 مکان: دانشگاه فردوسی مشهد، دانشکده علوم پایه، کلاس 24

📧 برای عضویت در آزمایشگاه، رزومه و انگیزه نامه خود را به آدرس ایمیل آزمایشگاه ارسال فرمائید.

📩 ایمیل: neuroinklab@gmail.com

📶 راه ارتباطی با ما: @Arefhzd


📱نورواینک (NeuroInk Lab)
تلگرام | اینستاگرام | توییتر(ایکس)

📱انجمن علمی دانشجویی زیست‌شناسی
تلگرام | اینستاگرام

مبانی نظریه اطلاعات شانون

برای جلسه فردا "حیات چیست" تماشای ویدیو "مبانی نظریه اطلاعات شنون" رو پیشنهاد میکنم.

#neurosyntax

در این جلسه "حیات چیست؟" درباره مفاهیم مهمی چون مکانیک آماری، خودسازماندهی، و ذرات فعال صحبت خواهیم کرد.

خودسازماندهی به عنوان یکی از ویژگی های بنیادینی نگریسته میشد که موجود زنده رو از غیرزنده جدا میکرد. هر چند امروز میدونیم این ویژگی کافی نیست و مختص موجود زنده هم نیست (؟)، اما همچنان این فرآیند به عنوان یک ویژگی مهم از موجود زنده به حساب میاد.

با تکیه بر مفاهیم ترمودینامیک که جلسه پیش یاد گرفتیم، به سراغ ارائه یک تعریف فرمال از خودسازماندهی میریم.

سپس این فرآیند رو در دنیای اطراف جستجو میکنیم که ما رو به ذرات فعال میرسونه. توضیح خواهیم داد این ذرات چه هستند و چطور این سیستم های ساده تر به فهم حیات در فرم های پیچیده تر کمک میکنند.

https://t.me/c/2357905230/97