من چند وقتی هست برای یک پروژه به سراغ دیتاست رایگان و قابل دسترس IBL رفتم. این دیتاست شامل داده های رفتاری، الکتروفیزیولوژی و تصویربرداری کلسیمی از نواحی مختلف مغز موش در یک تسک رفتاری تصمیم گیری هست. این داده با نوروپیکسل با همکاری 22 آزمایشگاه مختلف علوم اعصاب سیستمی در سطح دنیا ثبت شده.

جدای از اینکه میخواید از این دیتا استفاده کنید یا نه، پیشنهاد میکنم اگر با High-density probe ها در هر سطحی (نه لزوما نوروپیکسل) کار میکنید و پردازش سیگنال انجام میدید، حتما مجموعه مقالات این گروه رو در حوزه فنی کار با دیتا بخونید. بسیار بهتون اطلاعات مفید میده. برای نمونه من امشب مقاله Spike Sorting رو خوندم و با اینکه با بسیاری از این مسائل از پیش آشنا بودم، همچنان از شفافیت نوشتاری این مقاله لذت بردم. من دوست دارم وقتی یک کار انجام میشه، پیش فرض ها، الگوریتم ها، و محدودیت ها مطرح بشه. رویکردی که در نوروسینتکس هم پیاده سازی کردم و همواره سعی کردم این موارد رو برای هر متدی که آموزش میدم توضیح بدم. ولی معمولا چنین جزئیاتی در مقالات کمتر دیده میشه چون همواره میتونه در روند داوری مقاله اذیت کننده باشه. برای همین طی سالیان اخیر همواره شاهد کوتاه شدن قسمت متد مقالات بودیم. برای همین چنین مقالات فنی ای به خودی خود ارزش بالایی دارن.

Spike sorting pipeline for the International Brain Laboratory


پیشنهاد میکنم در پروژه های پژوهشی خودتون به سراغ این دیتاست برید و شروع به آنالیز کنید. با اینکه 5 سال از اولین ثبت های این دیتاست میگذره تعداد مقالات روی این دیتاست زیاد نیست و جای کار بسیاری داره. در مقاله زیر میتونید برخی از متغیر هایی که ثبت شده رو ببینید. ولی بدون شک متغیر ها اینقدر زیاد هست که برای هر نوع آنالیزی در سطح نورونی، LFP، رفتاری و ... بشه ازش استفاده کرد.

Data release - Brainwide map - Q4 2022

لیستی از نواحی که ازش ثبت گرفته شده و تعداد نورون های هر ناحیه در فایل زیر قابل مشاهده است:

https://github.com/int-brain-lab/paper-brain-wide-map/blob/plotting/brainwidemap/meta/region_info.csv

فقط یک عدد کلی بخوام بدم بر مبنای جدول داده IBL حدود 459 جلسه ثبت هست با حدود 699 الکترودگذاری، و 621733 نورون ثبت شده از 281 ناحیه مغزی.


این نوید رو باید بدم که با صحبت هایی که امروز با امیررضا داشتم، برای کارگاه های نوروسینتکس از GLM به بعد از این دیتاست بسیار استفاده خواهیم کرد.

#neuropixel