Обращение Патриарха Кирилла к теме миграции неудивительно, поскольку оба миграционных потока, и массовый отъезд из России граждан, и приём огромного числа мигрантов из Средней Азии, ведут к снижению доли православных христиан в стране, а, следовательно, угрожают Русской православной церкви

Согласно данным ВЦИОМ, опубликовавшим свежий данные опроса об отношении россиян к религии, в период с 2017 по 2021 год доля определяющих себя как православные христиане снизилась с 75% до 66%, процент неверующих увеличился вдвое - с 7% до 14%, а в возрастной группе от 18 до 24 лет последователями православия назвались 43% опрошенных, а ислама - 12%".
По этим же данным, общая доля мусульман в 2021 году осталась практически на уровне 2017 года - 6%, но есть серьезные сомнения в том, что получившие российское гражданство мигранты попадают в выборку социологов (а не имеющие его точно не попадают).
При этом, согласно некоторым прогнозам, доля мусульман в России к 2050 году может стать очень весомой.
Так, северные нефтедобывающие субъекты (ЯНАО, ХМАО, Тюменская область) за последние десятилетия стали еще одним мусульманским регионом страны. К такому выводу пришли исследователи Института социальной политики ВШЭ, изучив миграционные потоки. В некоторых крупных городах доля мусульман сейчас составляет уже 10-15%. Эксперты ВШЭ считают, что влияние мусульманского фактора в Западной Сибири будет только расти вместе с численностью уммы (исламской общины).

Активное христианское миссионерство не слишком свойственно Русской православной церкви, в вот ислам был и остаётся религией активного прозелитизма.
Поэтому Патриарх Кирилл и высказывается негативно о миграции в Россию.

К тому же, в последнее время тема массовой миграции и проблем, вызванных ею, стала весьма острой для многих россиян, что не могло остаться без реакции церкви. @Up_Periscope