Sketchup — вот и та самая программа, которую используют мангаки для моделирования зданий, пейзажа и прочего. Можно самому сделать, а также есть готовые, но для профессионалов — Clip Studio Paint, хотя и не для профессионалов. Можно сделать сначала в Sketchup затем уже там. В принципе разобраться тут не так сложно и можно спокойно экспериментировать.

Пробовал сначала в Blender, но в очередной раз убедился, что с блендером я все еще не на "ты".