Un concile réunit par la suite à Constantinople 383 Pères (879-880), sous la présidence de Photios et en présence des légats du Pape. Ils confirmèrent la réhabilitation du patriarche, annulèrent le concile de 869 et rétablirent la communion entre les deux Eglises, anathémisant toute innovation, en particulier l’addition hérétique du Filioquedans le Symbole de Foi. Le plus grand désir du prélat était comblé : le rétablissement de la paix et de l’unité de l’Eglise. Il se remit aussitôt à sa tâche de pacification, en proposant charitablement à ses ennemis la réconciliation et en prenant sans rancune un soin paternel des partisans d’Ignace.

Quand Léon VI le Sage (886-912) succéda à son père sur le trône, désireux de se venger d’un ami de Photios, qui avait, croyait-il, dénoncé à son père le complot qu’il avait tramé contre lui, il déposa sans jugement le saint patriarche (en 886) et le fit enfermer comme un malfaiteur dans le monastère des Arméniaques, où le saint resta reclus pendant cinq ans, privé de toute consolation humaine mais éclatant comme l’or éprouvé dans la fournaise des épreuves. C’est alors qu’il rédigea, sans l’aide d’aucun livre, sa Mystagogie du Saint-Esprit : réfutation systématique de l’hérésie du Filioque, dans laquelle il démontre que le Saint-Esprit procède éternellement de la Personne du Père, la Source de la Divinité, et nous est envoyé par le Fils, pour nous rendre participants de la nature divine. Laissant ce traité en guise de testament à la Sainte Eglise en vue des combats à venir, il partit rejoindre le chœur de saints Pères et des Docteurs, le 6 février 891.

Il reste un des grands luminaires de l’Orthodoxie et un des témoins les plus authentiques de l’esprit évangélique. Son esprit inspira mille ans plus tard une confrérie fondée en 1925 à Paris par huit jeunes russes émigrés, dont Evgraph Kovalevsky, et dénommée Confrérie  saint Photius, destinée à servir au triomphe universel de l’Orthodoxie par le retour de l’Occident à son Orthodoxie première. Ainsi saint Photius, avec le bienheureux évêque Jean de Saint-Denis, est-il devenu le fondement de l’Eglise orthodoxe d’Occident.

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