В начале осени 2021 год практически незаметно для широкой публики, одна из калифорнийских компаний Synthetic Genomics сменила название на Viridos. Переименование было тесно связанно с уходом от дел одного из важнейших основателей Крейга Вертера. Разработчики его компании впервые в истории человечества синтезировали длинную молекулу ДНК с полным геномом бактерии и ввели ее в бактериальную клетку. И клетка эта смогла жить и размножаться
***
Для того, чтобы создать синтетический организм нужно было вначале идентифицировать минимальный набор генов, нужный для поддержания жизни, а потом искусственно перестроить его так, чтобы новый организм мог размножаться и желательно выполнять нужные человеку функции
В качестве подопытного была выбрана бактерия Mycoplasma genitalium. Та самая микоплазма, которая часто связывается с возникновением воспалительных заболеваний мочеполовой системы у людей. Но биотех она, в отличие от врачей-урологов, заинтересовала не тем, что способна вызывать уретрит/цервицит. Заинтересовала тем, что считалась организмом с наименьшим известным размером генома (размер 580 kb, содержит 482 гена)
Команда разработчиков, во главе с Вентером пыталась найти минимальный набор генов, необходимый для жизнедеятельности (т.н. минимальный геном). Это очень напоминает концепцию из стартап-движения, MVP (minimum viable product) - минимально жизнеспособный продукт, c которым можно идти к инвестору. В случае проекта Вентера минимум составил 382 гена. В октябре 2007 года Вентер в интервью The Guardian сообщил, что его командой впервые синтезирована модифицированная хромосома. Это всколыхнуло всех биоэтиков, которые сочли, что "создание Вентера может стать той базой на которой можно построить невообразимые биологические угрозы для человечества". На что Вентер ответил "мы имеем дело с глобальными идеями, мы пытаемся создать новую систему ценностей жизни. И оперируя таким масштабом не стоит ожидать, что все будут счастливы"
В 2010 году полный геном M. mycoides (он показан на картинке, функционал участков подписан) был синтезирован в соответствии с компьютерным кодом и перемещен в клетку Mycoplasma capricolum , из которой ранее была удалена нативная ДНК. Полученная синтетическая бактерия (лат. Mycoplasma laboratorium), смогла расти и размножаться, получила название JCVI-syn1.0, или Synthia (на картинке справа). Вентер прокомментировал это как "первый вид родители которого были компьютером". Позднее, в 2016 году, вышла версия JCVI-syn3.0, содержащая 473 гена. Фактически, т.к. геном JCVI-syn3.0 является новым для нашей планеты, то именно эта бактерия может считается первым по-настоящему синтетическим организмом. Синтетический геном этого проекта стоил $40 млн и потребовал 200 человеко-лет труда (прим. мое: да, невообразимый труд, с т.з. химика)
С особым восхищением сообщество гиков приняло и то, что в ДНК Синтии были внедрены четыре «водяных знака» (см. картинку), последовательности которых не было у M. mycoides. Закодированные сообщения, записанные в ДНК, длиной 1246, 1081, 1109 и 1222 пары оснований соответственно. В этих сообщениях использовался не стандартный генкод (где последовательности из 3 оснований ДНК кодируют аминокислоты), а особый вариант, который читатели должны были разгадать
Те био-криптографы, которым это удалось, могли увидеть HTML документ с поздравлениями и инструкциями о том, как отправить электронное письмо авторам на секретный e-mail для подтверждения декодирования
***
Сейчас про новые работы Вентера ничего не слышно, хотя в направлениях деятельности Viridos указаны и устойчивые к вредителям с/х растения, и новые вакцины, и даже трансплантология
