Основная проблема оказалось в том, что для поиска классов я передал стандартный путь в Windows с символом
\, а компилятор где-то внутри поменял его на /. По итогу спустя 4 часа дебаггинга оказалось, что он сравнивал свой вариант с старым моим и считал, что это совершенно разные не связанные библиотеки 🤙К счастью это решило существенную часть ошибок, а сейчас судя по всему мне осталось разобраться, почему он не может декомпилировать стандартные Java классы, вроде String или Int 💀