دسته دوم، نهادهای علمی و نخبگانی‌اند. بنیاد ملی نخبگان، جهاد دانشگاهی، دانشگاه‌ها، حوزه‌های علمیه و شبکه‌های دانش‌بنیان را باید در این سطح تحلیل کرد. این نهادها حامل آن بخش از گفتمان‌اند که دانش را منبع اقتدار می‌داند. در مقاله معصومی، دانش به‌عنوان قدرت فرهنگی، فنی و اجرایی معرفی می‌شود و عقلانیت راهبردی ابزار تحلیل و تصمیم‌گیری دانسته می‌شود (معصومی، ۱۴۰۴/۲۰۲۵). پس نهاد علمی در اینجا فقط محل تولید مقاله یا مدرک نیست؛ باید به تولید توان، تصمیم و استقلال بینجامد. اگر نهاد علمی نتواند مسئله‌های کشور را حل کند، گفتمان علم به شعار تبدیل می‌شود؛ و شعار هم، چنان‌که بشریت با سماجت ثابت کرده، جای فناوری را نمی‌گیرد.
دسته سوم، نهادهای گفتمان‌ساز و هویت‌سازند. شورای عالی انقلاب فرهنگی، دفتر حفظ و نشر آثار، KHAMENEI.IR، انتشارات انقلاب اسلامی، شبکه نماز جمعه، صداوسیما و آیین‌های سیاسی-دینی در این سطح قرار می‌گیرند. کارکرد این نهادها حفظ، بازتولید و انتقال منظومه فکری رهبری است. این بخش برای مقاله پس از شهادت اهمیت ویژه دارد؛ زیرا پس از فقدان رهبر، مسئله فقط جانشینی سیاسی نیست؛ مسئله استمرار زبان، حافظه و معناست. اگر گفتمان در نهادهای حافظه‌ساز تثبیت نشده باشد، با فقدان شخص دچار گسست می‌شود.
دسته چهارم، نهادهای وحدت‌ساز و فراملی‌اند. مجمع جهانی تقریب مذاهب اسلامی، جامعه المصطفی العالمیة، دانشگاه مذاهب اسلامی، مجمع جهانی اهل‌بیت و بعثه حج را می‌توان در این لایه دید. این نهادها گفتمان دین، دانش و اتحاد را از سطح ملی فراتر می‌برند و به شبکه جهان اسلام پیوند می‌زنند. در مقاله معصومی، اتحاد یکی از مؤلفه‌های اصلی قدرت نرم و تاب‌آوری اجتماعی دانسته می‌شود و در کنار دین و دانش، به‌مثابه سپر راهبردی در برابر فشارهای سلطه‌گرانه عمل می‌کند (معصومی، ۱۴۰۴/۲۰۲۵).
درمجموع، لایه نهادی پیشرفت و گفتمان نشان می‌دهد که میراث رهبری فقط در نهادهای امنیتی یا سیاسی متمرکز نیست. این میراث در اسناد آینده‌نگر، نهادهای علمی، شبکه‌های نخبگانی، مراکز گفتمانی، نهادهای وحدت‌ساز و حافظه‌های رسانه‌ای امتداد یافته است. همین گستردگی است که مفهوم صدقه جاریه سیاسی را معنا می‌دهد: استمرار اثر در سازمان‌ها، متون، نسل‌ها و شبکه‌هایی که پس از رهبر نیز توان بازتولید معنا و کنش دارند.
لایه امنیت و بازدارندگی: نهادی‌سازی بقا در محیط تهدید
لایه امنیت و بازدارندگی، اگر از لایه‌های پیشین جدا شود، به‌سرعت به خوانشی امنیتی و تقلیل‌گرایانه فرو می‌غلتد؛ اما اگر در پیوند با پیشرفت، فناوری، استقلال و تجربه تاریخی تهدید فهم شود، جایگاه آن روشن‌تر می‌شود. در منظومه آیت‌الله خامنه‌ای، امنیت نه جایگزین سیاست است و نه جانشین پیشرفت؛ امنیت شرط امکان سیاست مستقل و پیشرفت پایدار در محیط تهدید مزمن است.
در این بخش، چهار نهاد باید به‌صورت لایه‌ای تحلیل شوند، نه فهرستی: شورای عالی امنیت ملی، نیروی هوافضای سپاه، نیروی قدس سپاه و سازمان اطلاعات سپاه. شورای عالی امنیت ملی لایه تصمیم‌سازی و هماهنگی ملی است. کارکرد آن تبدیل تهدیدهای پراکنده به تصمیم هماهنگ میان دولت، نیروهای مسلح، دیپلماسی و نهادهای امنیتی است. در این سطح، امنیت نه واکنش سازمانی، بلکه تصمیم ملی است.
نیروی هوافضای سپاه، لایه بازدارندگی سخت و فناورانه را نمایندگی می‌کند. اهمیت این نهاد در مقاله از جنبه عملیاتی نیست و نباید هم باشد؛ مقاله قرار نیست دفترچه راهنمای بازدارندگی بنویسد، خدا را شکر. اهمیت آن در این است که نشان می‌دهد گفتمان مقاومت چگونه به فناوری، توان پاسخ و افزایش هزینه تعرض تبدیل می‌شود. در این سطح، فناوری دفاعی امتداد همان منطق علمی است که در بخش پیشرفت ایجابی توضیح داده شد. هوافضا فقط نهاد نظامی نیست؛ نمونه‌ای از پیوند علم، فناوری، تهدیدشناسی و استقلال راهبردی است.
نیروی قدس سپاه، لایه عمق راهبردی و بازدارندگی برون‌مرزی است. این لایه در خوانش‌های غربی اغلب با مداخله منطقه‌ای یا شبکه نیابتی توضیح داده می‌شود. چنین خوانشی بخشی از واقعیت مناقشه را نشان می‌دهد؛ اما اگر از ژئوپلیتیک ایران، تجربه جنگ، شکنندگی محیط پیرامونی و تاریخ ارتباط ایران با بازیگران غیردولتی منطقه‌ای جدا شود، ناقص می‌ماند. رئیس‌نژاد نشان می‌دهد که پیوند ایران با نیروهای غیردولتی منطقه‌ای سابقه‌ای پیشاانقلابی و ژئوپلیتیک دارد، نه اینکه صرفاً محصول ایدئولوژی پس از انقلاب باشد (Reisinezhad, 2018). همین نکته کمک می‌کند نیروی قدس در مقاله نه به‌عنوان استثنایی ایدئولوژیک، بلکه در امتداد منطق عمق راهبردی ایران تحلیل شود.