Одним из требований признания квалифицированной подписи является использование сертифицированной криптографии. Проще говоря, чтобы конкретные сборки средства электронной подписи (КриптоПро CSP, ViPNet CSP) имели сертификат соответствия ФСБ России. На практике с этим большие проблемы.

Проверка электронных подписей размещенных в сети Интернет файлов показывает, что несертифицированные сборки применялись для создания ключей ЭП, которыми осуществлялось подписание бюджета Москвы, протокола электронного голосования и XML-представления аккредитованных удостоверяющих центров.