Почему в русском только три времени, а в английском двенадцать?

В английском тоже три времени: прошлое (past), настоящее (present) и будущее (future).

А откуда берётся тогда число 12?

Всё просто: в английском каждое действие в каждом времени может быть четырёх видов:

1. То, которое повторяется регулярно (Каждый день у нас идут дожди). [Simple]
2. То, которое тянется во времени (Прямо сейчас льёт дождь). [Continuous]
3. То, которое уже закончилось и мы видим его результат (Смотри, дождь уже закончился). [Perfect]
4. То, которое уже долго длиться и хорошо виден его результат (Дождь идёт уже три часа, всё затопило). [Perfect Continuous].

4 x 3 = 12.

Просто берите present, past и future, подставляйте к каждому из них эти 4 типа действия и вы получите 12 времён.