TGViewer
Channel Public Channel
Цифровая химия | ИОНХ РАН

Цифровая химия | ИОНХ РАН

@digichemistry

Новости цифровой химии в России и мире

Сотрудничество:
Центр цифрового материаловедения ИОНХ РАН
https://digimatter.ru/
e-mail: alex90pavlov@mail.ru
Subscribers
326
Photos
34
Videos
1
Links
35

Showing posts older than #33 · Back to latest

Older Posts 14 shown
Post #29 739

Forwarded from [Хелатный эффект]

📌Графический реферат - визитная карточка любой научной статьи.
Яркие и необычные визуализации создают запоминающийся образ, привлекающий внимание читателей.

🌟Если ваша статья, готовящаяся к публикации, требует визуального представления, советуем обратиться к нашей сотруднице - Анне Матюхиной, которая много лет занимается созданием графических рефератов. Анна подходит к каждой работе как к произведению искусства, поэтому все иллюстрации уникальны и создаются вручную.

Примеры работ можно посмотреть по ссылкам:
CrystEngComm 2025, 27, 3352-3361
J. Magn. Magn. Mater. 2025, 614, 172650
Crystals 2026, 16(1), 12
New J. Chem. 2022, 46, 21245-21256

Ваше исследование заслуживает быть замеченным! 🖌🎨
  • ❤ 7
  • 👍 3
  • 🗿 3
  • 🤣 2
  • 🦄 2
  • ⚡ 1
  • ❤‍🔥 1
  • 👻 1
Post #28 568
Дорогие коллеги, учёные, исследователи и все, кто дружит с данными! 🧪📊👨‍🔬👩‍🔬

Коллектив Центра цифрового материаловедения поздравляет вас с наступающим Новым годом! 🎉

Пусть в новом году метрики качества моделей стремятся к идеальной единице. 📈 Желаем, чтобы все ваши молекулярные дескрипторы находили свои значимые корреляции, а алгоритмы машинного обучения никогда не переобучались на проблемах уходящего года. 🤖

И главное — чтобы ваша жизненная энергия активации всегда была низкой, позволяя легко преодолевать любые барьеры, а рабочие модели неизменно предсказывали успех, удовольствие и гармонию. ⚡😌❤️

Пусть 2026 год станет для вас годом идеального попадания в класс счастья, здоровья и научных прорывов! 🎯🏆🥳

С Новым годом! May the Force (fields) be with you! 🎄

Ваши коллеги-хемоинформатики, которые знают, что счастье — это нелинейная функция, но мы подберём для неё правильные параметры. 😉🔍💻
  • 🔥 10
  • 🥰 8
  • 🎄 5
  • 🤗 4
  • ❤ 2
  • 🍾 2
Post #27 1.07K
🎉 ПРЕДСТАВЛЯЕМ ПЕРВЫЙ МАКЕТНЫЙ ПРОТОТИП 🎉

«MaIGIC» — это суверенное, проприетарное и универсальное программное обеспечение для моделирования магнитных свойств, полученных методами магнитометрии, ЭПР и ЯМР.

⚡ Ключевая возможность прототипа:
▶️ Расчёт магнитных свойств спиновых систем любой сложности.

🚀 И это только начало большого и интересного пути!
В будущем спектр возможностей будет значительно расширен!
  • 🔥 12
  • ❤ 2
  • 🆒 2
  • 👍 1
  • 😁 1
  • 💯 1
  • 🤷 1
Post #26 555
🏆 Поздравляем с победой!

Поздравляем от всей души Василису Лелекову, студентку 5-го курса ФФФХИ МГУ, с победой в конкурсе работ молодых ученых на конференции «Неорганическая химия и материаловедение: поколение NEXT» (15-16 декабря 2025 г.)!

🎓 Василиса выполняет дипломную работу в Центре цифрового материаловедения ИОНХ РАН. Тема её исследования: «Моделирование газопроницаемости полинорборненовых мембран методами квантовой химии и молекулярной динамики».

💻 Это блестящий пример того, как современные вычислительные методы открывают новые горизонты в материаловедении!

Желаем Василисе не останавливаться на достигнутом, ярких научных идей и новых побед!

http://www.igic.ras.ru/nauch_pract_konf_pokolenie_NEXT_2025.php
  • 🎉 9
  • 🍾 2
  • ❤ 1
  • 🆒 1
Post #25 433

Forwarded from Химия в России и за рубежом (канал ИОНХ РАН)

Химическое информационное агентство начинает свою работу!

ХИА — профессиональное сообщество, создающее единое инфополе для всех, кто связан с химией. Цель агентства — помочь профессионалам оставаться в курсе ключевых событий, а всем интересующимся химией — увидеть её фундаментальную роль в современном мире.

Основные направления, по которым ХИА будет вести свою работу:

• Химическая наука – новые открытия, публикации в ведущих научных журналах и обзоры перспективных направлений.
• Химическое образование – новости вузов, анонсы студенческих конференций и олимпиад, полезные материалы для студентов и преподавателей.
• Химическая промышленность – инновационные технологии, экологические решения, анализ рынка и интервью с представителями отрасли.
• Конференции и семинары – анонсы и обзоры материалов международных и российских форумов, отраслевых съездов и образовательных школ.
• История химии – популярные статьи о становлении науки, биографии выдающихся химиков, архивные материалы и малоизвестные факты.
• Официально – документы, нормативные акты, гранты и конкурсы в сфере химии и смежных наук.
• Персоналии – поздравления учёным, руководителям и ведущим специалистам с наградами, премиями, почётными званиями и юбилеями.
• Химия в школе – доступные материалы для учителей и учеников: эксперименты, методические разработки, подготовка к ЕГЭ и олимпиадам.
• Происшествия – информация об авариях, инцидентах и чрезвычайных ситуациях в химической промышленности по всему миру, анализ их причин и последствий.
ХИА позиционирует себя как сообщество, где за каждой новостью стоят конкретные люди и их достижения. Агентство открыто для сотрудничества и приглашает направлять новости, пресс-релизы и анонсы по адресу hia@igic.ras.ru.

Где читать ХИА:
• сайт «Химическое информационное агентство» (https://cheminform.ru/)
• канал Telegram «Первый химический» (https://t.me/firstchemical)
• группа ВКонтакте «Первый химический» (https://vk.com/firstchemical)

Наполним информационное пространство самыми яркими и значимыми событиями из мира химии!

#российскаянаука
  • 👍 6
  • ❤ 2
  • 🔥 1
  • 👌 1
  • 🆒 1
Post #22 512
Ноябрь — последний осенний месяц уходящего года — был крайне насыщен участием сотрудников Центра цифрового материаловедения ИОНХ РАН в различных конференциях и мероприятиях, которые принесли нам множество полезных контактов и новых идей! 🚀

🎉 Поздравляем сотрудника Центра Максима Шандыбо с дипломом за лучший доклад на II научной конференции «Искусственный интеллект в химии и материаловедении» в ИОХ РАН! Тема его выступления: «Методы автоматизированного парсинга химических статей». Это значимое достижение!

👏На этой же конференции с докладами выступили:
• М.н.с. Иван Злобин — тема: «Бимодальный трансформер для автоматической интерпретации спектров ЯМР».
• Руководитель центра, д.х.н. Александр Павлов — тема: «Машинное обучение для сбора данных в научных и производственных задачах».

💡 Главный вывод дискуссий: сегодня существует острая нехватка структурированных и верифицированных цифровых химических данных, что сдерживает широкое внедрение баз данных и моделей машинного обучения в химическую науку и производство. Именно на решение этой проблемы направлены два наших проекта — разработка методов автоматического извлечения данных в областях магнитных материалов и экстрагентов редких металлов.

🌐 Проблематика цифровых данных также обсуждалась в рамках интервью Александра Павлова на портале RuNet «От опасения к интересу: как химическая отрасль осваивает ИИ», которое можно прочитать по ссылке: https://runet.news/column/65870

🔚 В завершение насыщенной программы ноября Александр Павлов выступил с ключевым докладом: «Синергия методов исследования магнитных свойств комплексов 3d-переходных металлов: магнитометрия, спектроскопия ЭПР и ЯМР».

Ноябрь стал продуктивным месяцем, подтвердившим актуальность и востребованность наших исследований в научном сообществе. Впереди — интересная работа!
  • ❤ 8
  • 🆒 3
  • 👍 2
  • 🔥 1
Post #21 2.53K
Образовательный курс "Прикладная хемоинформатика и машинное обучение"

По статистике уже 25% химических предприятий России используют машинное обучение и искусственный интеллект в своей деятельности! И это только начало! 📈

Но здесь компании ждет серьезный вызов: как внедрять ИИ, не передавая конфиденциальные данные за периметр предприятия? Решение лежит на поверхности — нужно растить собственных экспертов.

Центр Цифрового материаловедения ИОНХ РАН предлагает готовое решение — авторский образовательный курс:

«Прикладная хемоинформатика и машинное обучение»

Мы не просто даем теорию, а учим применять ML для решения реальных химических задач. Курс уже успешно проводится для сотрудников одной из компаний химической отрасли.

Почему это актуально для вашей компании?
✅ Безопасность данных: Обучение ваших специалистов исключает риск утечки.
✅ Фокус на ваших задачах: Курс адаптируется под специфику и потребности вашего бизнеса.
✅ Практическая польза: Сотрудники сразу начнут применять полученные знания в работе.

Приглашаем компании и организации химической отрасли к обучению на базе центра Цифрового материаловедения ИОНХ РАН!

💬Контактное лицо: Павлов Александр Александрович, e-mail: alex90pavlov@mail.ru

Лицам, освоившим программу и успешно прошедшим итоговую аттестацию, выдаются удостоверения о повышении квалификации.
  • 🔥 10
  • 👍 1
  • 🆒 1
Post #18 591
Руководитель центра Цифрового материаловедения ИОНХ РАН, д.х.н. Павлов Александр Александрович принял участие в сессии "Цифровая трансформация строительной промышленности 4.0" в рамках МФВ "Российский промышленник" с докладом «Возможности ИИ для строительной отрасли».

Он отметил:
С учетом продолжающегося «бума» ИИ в мире на данный момент не всегда легко понять, какие цифровые инструменты действительно полезны для промышленности, а какие – нет.

Павлов А.А. считает, что одними из наиболее востребованных задач в промышленности и строительной отраслях в том числе являются:


1⃣ Автоматизация производства при помощи моделей машинного обучения. Это так называемый подход «IoT + ML», который уже с успехом применяется в качестве интеллектуального помощника и позволяет привести к увеличению выхода продукта и уменьшению количества брака за счет эффективной регулировки технологических процессов в режиме реального времени.

2⃣ Использование больших языковых моделей для сбора баз данных, которые впоследствии могут быть использованы для обучения моделей следующего уровня для решения различных задач: оптимизация состава строительных смесей и разработка новых строительных материалов. Например: светоотражающее дорожное покрытие, содержащее редкие металлы, и другие функциональные покрытия.

🏛В центре Цифрового материаловедения ИОНХ РАН идет активная работа по созданию инструментов для экстракции химических данных из разрозненных неструктурированных источников.
  • 🔥 4
  • 👍 3
  • ❤ 2
  • 🆒 2
Post #17 1.92K
От основ квантовой механики до молекулярных магнитов

Открыта регистрация на онлайн-курс «Основы квантовой механики молекулярного магнетизма».

Автор и лектор курса:
Павлов Александр Александрович,
руководитель Центра цифрового материаловедения ИОНХ РАН им. Н.С. Курнакова, преподавательский стаж более 10 лет.

📅 Даты проведения: 5 ноября - 24 декабря
⏰ Время: по средам с 12:00 до 13:30 (МСК)
🆓 Участие бесплатное

Программа:
1. Основы квантовой механики.
2. Спин в постоянном и переменном магнитном поле.
3. Статический спиновый гамильтониан.
4. Моделирование данных магнитометрии, ЭПР и ПЯМР в EasySpin.
5. Динамический спиновый гамильтониан.
6. Моделирование экспериментов ЯМР.
7. Примеры практического использования: молекулярные магниты, спиновые переключатели и др.

Вы научитесь:
✅
Описывать спиновые системы в магнитном поле
✅ Понимать как формируется сигнал в методах ЭПР, ЯМР и магнитометрии
✅ Моделировать реальные данные ЭПР, ЯМР и магнитометрии в EasySpin
✅ Понимать как использовать это для разработки новых магнитных материалов
✅ Не пугаться таких заданий, как "Рассчитать матрицу плотности при действии импульса (π)x на ансамбль ядер, находящихся в термодинамическом равновесии"😀

Для регистрации нужно написать преподавателю Павлову А.А. до 3 ноября. Количество мест ограничено!

UPD 17:30: места закончились, ждите объявлений о новом наборе.

Образовательный курс проводится в рамках направления "Программное обеспечение для обработки и интерпретации данных магнитных физико-химических методов анализа комплексов редкоземельных металлов" Центра рационального использования редкометального сырья ИОНХ РАН им. Н.С. Курнакова

https://t.me/dIGIChemistry
  • 🔥 9
  • 👍 8
  • ❤ 3
  • 🆒 1
Post #15 522
AlphaFold - как ИИ решил полувековую проблему биохимии

В августе 2021 года в Nature вышла статья, положившая конец более чем 50-летнему вызову молекулярной биологии - «проблеме сворачивания белков». Разработанная DeepMind система AlphaFold впервые позволила предсказывать трёхмерные структуры белков с атомарной точностью, но главное, AlphaFold не просто стала «научной сенсацией», а является практическим инструментом, который уже интегрирован в повседневную работу исследователей по всему миру.

Где и кем это используется?

1. Ускорение экспериментальных методов в структурной биологии

AlphaFold помогает в молекулярном замещении при рентгеноструктурном анализе, особенно когда фазовая проблема не решается традиционными методами. В статьях Nature Methods и Acta Crystallographica описаны случаи, когда предсказанные структуры позволили решить кристаллические структуры за часы вместо месяцев работы.

2. Интерпретация крио-ЭМ карт

Криоэлектронная микроскопия имеет низкое разрешение (в пределах 3-4 Å), из-за чего экспериментальные данные часто недостаточны для качественного построения модели белка. Предсказания AlphaFold используются как структурный приор, чтобы «вписать» цепь в электронную плотность. Такой трюк применялся, например, при анализе комплексов SARS-CoV-2 в 2021 году.

3. Целевой поиск в drug discovery

Крупные компании вроде Recursion Pharmaceuticals, Isomorphic Labs (наследник DeepMind) и различные академические группы используют AlphaFold для:
• предсказания структур мишеней, для которых на данный момент нет экспериментальных данных
• анализа влияния мутаций на стабильность белка
• виртуального скрининга с учётом реалистичной геометрии связывающего кармана

4. Масштабные структурные проекты

В 2021 году AlphaFold был применён ко всему человеческому протеому (приблизительно 20 000 белков), а затем к протеомам 20 модельных организмов. База AlphaFold Protein Structure Database уже содержит более 200 миллионов структур, и ежедневно получает десятки тысяч запросов от исследователей. Это делает AlphaFold одним из самых востребованных вычислительных инструментов в современной биохимии.

Как это работает и почему это важно для химии?

AlphaFold моделирует белок как пространственный граф, где в качестве узлов выступают аминокислотные остатки, а рёбра кодируют их взаимодействия. Ключевым прорывом является совместное обучение на эволюционных (MSA) и геометрических признаках через новую архитектуру Evoformer и Structure Module. Это позволяет не просто примерно оценивать расстояния в структурах, а прямым образом предсказывать 3D координаты тяжёлых атомов. На оценке CASP14 она показала медианную точность 0,96 Å (r.m.s.d.95), что сопоставимо с разрешением рентгеноструктурного анализа.

AlphaFold - это не просто академический прорыв, а масштабно внедрённый инструмент, который уже стал частью повседневной научной практики. Его полная открытость позволяет исследователям по всему миру интегрировать его в рабочие процессы без каких-либо барьеров. AlphaFold превратил предсказание структуры из узкоспециализированной задачи в стандартный, надёжный и общедоступный этап научного исследования, за что заслуженно был награжден нобелевской премией.
Nature Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold Nature - AlphaFold predicts protein structures with an accuracy competitive with experimental structures in the majority of cases using a novel deep learning architecture.
  • 🔥 9
  • ❤ 3
  • ❤‍🔥 1
  • 🆒 1
Post #14 519
Ложное превосходство
Выводы из практики оценки ИИ-моделей в материаловедении

В области прикладного искусственного интеллекта давно вошли в практику бенчмарки — специализированные тесты, дающие количественную оценку качеству работы модели. В области химии их роль часто выполняют открытые базы данных, например, база данных квантово-химических параметров молекул QM9, и протоколы тестирования качества. К последним почти всегда относится набор метрик (например, средних ошибок предсказания) и способ их агрегации — так химики получают, казалось бы, наглядный способ сравнения качества разных моделей и инструмент подбора наилучшей.

Так, одной из наиболее частых тем для публикации и обсуждения в области химической информатики является достижение очередной отметки качества работы модели для того или иного набора данных по выбранному набору метрик. Согласно тренду подобных публикаций, кажется, уже скоро многие задачи предсказания свойств по структуре (т.н. QSAR/QSPR) будут раз и навсегда решены искусственным интеллектом, без необходимости проводить какие-либо сложные расчёты и, тем более, эксперименты. Так почему же подавляющее большинство этих чудо-моделей так и не находят своего применения и не используются в своих работах другими профильными учёными?

Более того, на части бенчмарков (QM9 как раз из их числа) модели уже давно достигли уровня статистической погрешности — тем не менее, для этих бенчмарков продолжают выходить публикации с ещё более впечатляющими метриками, утверждающими о дальнейшем "прогрессе" в данной области.

Эту несоответствие чувствуем не только мы — на эту тему в Computational Materials Science не так давно вышла важная обзорная статья от авторов популярных бенчмарков ChemBench и MaCBench.

Несколько ключевых идей из публикации:

• Измеряйте то, что имеет значение в реальном мире
Многие бенчмарки страдают от «ошибки Макнамары»: они оценивают то, что легко посчитать (например, среднеквадратичную ошибку на DFT-данных), игнорируя то, что сложно, но критично — например, синтезируемость материала, его стабильность при эксплуатации или стоимость прекурсоров. Высокая точность предсказания энергии образования ≠ реально работающий материал.

• Данные определяют, что вы измеряете
Модель, обученная на DFT-расчётах, предсказывает не экспериментальные свойства, а систематические ошибки функционала (например, PBE-undershoot для ширины запрещённой зоны). Сравнивать такие модели с теми, что обучены на экспериментальных данных, — сравнивать яблоки с апельсинами.

• Метрики — это выбор, а не данность
Средняя абсолютная ошибка (MAE) или точность (accuracy) часто не отражают научной или инженерной ценности модели. Для задач подбора материалов по заданным критериям важнее top-N discovery yield (то есть содержание искомой структуры среди первых N вариантов, предложенных моделью), для генеративных моделей — физическая реализуемость структур. Даже способ агрегации результатов (среднее vs. взвешенное) может полностью перевернуть рейтинг моделей (см. рис. 1 в статье!).

• Бенчмарки устаревают — и это нормально
QM9 и MatBench Discovery уже близки к насыщению: модели достигли предела шума в данных. Продолжать использовать их как основной критерий — рисковать «фантомным прогрессом». Авторы призывают заранее определять критерии устаревания бенчмарков и планировать их преемников.

• Прозрачность — обязательна
Чтобы сравнения были честными, авторы предлагают внедрить практику структурированных «оценочных карточек» (evaluation cards), содержащих ключевую информацию о методологии тестирования и потенциальных недостатках модели.

Ключевой вывод:
Оценка ИИ-моделей — это не техническая деталь, а фундамент научного прогресса. Плохая метрика, устаревший бенчмарк, отсутствие анализа ошибок модели и домена применимости — всё это ведёт к неверным трактовкам результатов, закреплению плохих практик, ложным открытиям и потере доверия ко всей области химической информатики и цифрового материаловедения.

Центр Цифрового материаловедения ИОНХ РАН призывает — давайте вместе строить культуру ответственного измерения и оценки!
ChemBench A benchmarking app for chemistry LLMs.
  • 👍 8
  • 🔥 4
  • ❤ 1
  • 🆒 1
Post #12 2.09K
Участие руководителя Центра цифрового материаловедения в Наблюдательном совете АНО «Агентство цифрового развития»

Руководитель Центра цифрового материаловедения ИОНХ РАН Александр Павлов вошёл в состав Наблюдательного совета Автономной некоммерческой организации «Агентство цифрового развития».

АНО «Агентство цифрового развития» выступает ключевой платформой взаимодействия между научным сообществом, государственными структурами и ИТ-экспертами в целях формирования цифровой инфраструктуры и реализации стратегических проектов цифровой трансформации.

Это событие имеет важное значение для развития отечественной научно-технологической повестки. Включение представителя научного сообщества, работающего на стыке химии, материаловедения и цифровых технологий в стратегический орган АНО, позволит усилить фундаментальную составляющую в разработке стратегических приоритетов цифрового развития.

Для ИОНХ РАН участие в деятельности Наблюдательного совета открывает ряд новых возможностей:
• Научная интеграция — участие в разработке и продвижении проектов, направленных на цифровизацию фундаментальных и прикладных исследований в материаловедении.
• Расширение научных связей — доступ к междисциплинарным площадкам, объединяющим ИТ-экспертов, исследователей и представителей промышленности.
• Вклад в национальные инициативы — возможность влиять на стратегию развития цифровой науки и внедрять технологии прогнозирования и моделирования материалов в масштабные проекты.
• Развитие научных кадров — создание условий для привлечения молодых специалистов и интеграции их в цифровую научную повестку.

Подробнее: https://anodigital.ru/
  • 👍 5
  • 🔥 4
  • ❤ 2
  • ❤‍🔥 1
  • 🤝 1
  • 🆒 1
Post #11 3.61K
C&EN: Как не поддаться хайпу ИИ в химии - краткое руководство.

Chemical & Engineering News опубликовал практический чек-лист для критической оценки ИИ-инструментов в химии - от ChatGPT до специализированных моделей.

Несколько ключевых идей:
• Данные решают всё.
Минимум 1 000 релевантных точек данных — порог для значимых результатов. Без качественных данных — только шум.

• LLM — не замена химикам.
Как отмечает Джонатан Аллен (LLNL), большие языковые модели вроде ChatGPT — это инструменты поиска и обобщения, но не научного анализа. Они не понимают сути химической науки, не проверяют логику расчётов и уж точно не несут ответственности за точность. В лучшем случае - «умный ассистент», в худшем - источник правдоподобных, но ошибочных выводов.

• Где ИИ реально работает:
1) AlphaFold - революция в предсказании структуры белков.
2) MLPs - заменяют ресурсоёмкие DFT-расчёты, экономя время суперкомпьютеров и энергию.
3) Генеративные модели (вида IBM’s RXN) - генерируют гипотезы там, где нет чёткой цели, и помогают ученым там, где нужен свежий взгляд.

(Авторы канала считают важным упомянуть про MLIP (Machine Learning Interatomic Potentials) в качестве примеров, где ИИ реально помогают человечеству. Это точные и быстрые потенциалы для атомных симуляций (MACE, NequIP, GAP), которые уже интегрированы в Molecular Dynamics Simulator LAMMPS, ASE - незаменимы для изучения сплавов, батарей и дефектов кристаллов.)

• Обращайте больше внимания на бенчмарки.
Надёжные модели проверяются на стандартизированных датасетах: Tox21, MatBench и др. Дополнительно проверяйте то, какими метриками авторы подтверждают свои результаты, поскольку очень часто за маленькой звёздочкой под метрикой может стоять настоящий сюрприз.

• Открытый код - плюс к надёжности.
Инструменты, соответствующие FAIR (например DeepChem), заслуживают большего внимания. Большое сообщество с активными пользователями часто служит индикатором качества.

Ключевой вывод: ИИ мощный вспомогательный инструмент, но не волшебная палочка. Подходите к новым инструментам с умом, а главное - скепсисом.

Ознакомиться с работой можно по ссылке:
https://cen.acs.org/physical-chemistry/computational-chemistry/guide-navigating-AI-chemistry-hype/103/web/2025/05

#Новости
Chemical & Engineering News A guide to navigating AI chemistry hype If you plan to use machine learning for research, consider ChatGPT’s shortcomings and inquire about AI tools’ training data and benchmarking performance
  • 👍 9
  • ❤‍🔥 4
  • ✍ 3
  • ❤ 2
  • ⚡ 1
  • 🆒 1
Older posts →
Threads Profile ViewerView any public Threads profile without an account.Open ThreadLook →Writing with AI? Make it sound human.Metric37 rewrites AI drafts so they read naturally. Free AI detector, 1,500 words free.Try Metric37 →