پرونده: وقتی تصویر PCR، Western blot شد
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
تصور کنید با معکوس‌کردن طیف خاکستری یک تصویر PCR، تنظیم کنتراست و تغییر ابعاد آن، تصویری تولید شود که در مقاله به‌عنوان Western blot معرفی شده است.
این دقیقاً یکی از مواردی بود که در بررسی یک مقاله منتشرشده در PLOS ONE تأیید شد.
مقاله عملکرد سلول‌های شبه‌ادونتوبلاست مشتق از سلول‌های iPS و ES را بررسی می‌کرد. پس از مطرح‌شدن نگرانی‌هایی درباره چند شکل، نویسندگان درخواست ریترکشن دادند و Aichi Gakuin University پرونده را بررسی کرد.
براساس اطلاعیه رسمی، در چند مورد grayscale تصاویر PCR معکوس شده و تصاویر حاصل به‌عنوان داده Western blot نمایش داده شده بودند.
🔍 بررسی چه مواردی را نشان داد؟
▫️ در Fig. 1B، پنل‌های β-tubulin که به‌عنوان Western blot معرفی شده بودند، از تصویر GAPDH PCR در Fig. 1A ساخته شده بودند.
▫️ در Fig. 2، grayscale تصاویر PCR معکوس و سپس Contrast و Black level آن‌ها تنظیم شده بود تا به‌عنوان Western blot نمایش داده شوند.
▫️ در Fig. 6 نیز یک تصویر GAPDH پس از معکوس‌شدن، برای ساخت پنل β-tubulin مربوط به آزمایشی دیگر استفاده شده بود.
▫️ بخشی از تصویر MMP-3 PCR پس از معکوس‌کردن، تنظیم کنتراست و Black level و بزرگ‌نمایی عمودی، به‌عنوان MMP-3 blot ارائه شده بود.
▫️ در چند پنل، خطوط عمودی مشکوک به Image splicing مشاهده شد.
▫️ یک تصویر در دو پنل استفاده شده بود و در یکی از آن‌ها نسبت به دیگری ۱۸۰ درجه چرخانده شده بود.
▫️ در مورد دیگری، چهار lane ظاهراً تکراری بودند و با تغییر روشنایی، کنتراست و ابعاد نمایش داده شده بودند.
داده‌های اصلی زیربنای این نتایج نیز در دسترس نبودند؛ بنابراین امکان بازسازی مستقل منشأ و فرایند تولید تصاویر وجود نداشت. در نهایت، ویراستاران PLOS ONE مطابق توصیه دانشگاه مقاله را ریترکت کردند.
💡 این پرونده چه درسی برای پژوهشگران دارد؟
داده‌های PCR gel و Western blot ممکن است هر دو به‌شکل باندهای روشن یا تیره دیده شوند؛ اما دو نوع داده کاملاً متفاوت‌اند:
▫️ پی‌سی‌آر حضور یا اندازه محصولات تکثیرشده اسید نوکلئیک را بررسی می‌کند.
▫️اما Western blot سیگنال حاصل از شناسایی پروتئین با آنتی‌بادی را نشان می‌دهد.
معکوس‌کردن grayscale فقط ظاهر تصویر را تغییر می‌دهد؛ هویت و منشأ آزمایش را تغییر نمی‌دهد.
برای حفظ یکپارچگی تصاویر:
▫️ داده‌ها را با Metadata آرشیو کنید
نوع آزمایش، تاریخ، اپراتور، Sample ID، آنتی‌بادی، Exposure و دستگاه تصویربرداری باید همراه فایل ثبت شوند.
▫️ فایل خام را بازنویسی نکنید
پردازش‌ها را روی یک نسخه جداگانه انجام دهید و نسخه اصلی را بدون تغییر نگه دارید.
▫️ از پردازش انتخابی خودداری کنید
تنظیم Brightness و Contrast، در صورت استفاده، باید بر کل تصویر اعمال شود و اطلاعاتی را پنهان یا ایجاد نکند.
▫️ ابعاد تصویر را تحریف نکنید
کشیدن عمودی یا افقی تصویر می‌تواند شکل باندها و فاصله میان آن‌ها را تغییر دهد و مقایسه را گمراه‌کننده کند.
▫️پیرایش (Splicing) را شفاف اعلام کنید
اگر laneهای غیرمجاور در یک شکل کنار هم قرار می‌گیرند، مرز آن‌ها باید مشخص و نحوه مونتاژ در Figure legend توضیح داده شود.
▫️ هر پنل را به فایل اصلی متصل نگه دارید
نام‌گذاری و آرشیو باید به‌گونه‌ای باشد که منشأ هر تصویر، بدون اتکا به حافظه افراد، قابل‌بازیابی باشد.
این پرونده نشان می‌دهد که بازرسی صرفاً چشمی همیشه برای تشخیص هویت داده کافی نیست. یک تصویر ممکن است ظاهری متقاعدکننده داشته باشد، اما اعتبار آن به منشأ فایل، Metadata و زنجیره مستند پردازش وابسته است.
شما چطور؟
در آزمایشگاه شما، چه اطلاعاتی همراه تصاویر خام ژل و Western blot ذخیره می‌شود تا منشأ هر پنل در آینده قابل‌ردیابی باشد؟
🔗 اطلاعیه رسمی ریترکشن:
https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0198542
🔗 مقاله اصلی (امکان دانلود از scihub هست):
https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24358294/
#Retraction_Files #WesternBlot
━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━━
@Connectosome
