Серьезной проблемой для отечественной рыбной отрасли, наряду с климатическими изменениями и выбросами загрязняющих веществ в воду, является браконьерство. Оно в наибольшей степени опасно для ценных видов рыбы, таких как окунь, осетр и тому подобные.

Как отмечает президент ВАРПЭ Герман Зверев, усложняет ситуацию дефицит рыбных инспекторов и их уровень подготовки, недостаток необходимого оборудования для проверок и низкое финансирование отрасли.

Отдельно стоит отметить судебную практику, которая позволяет браконьерам оставаться безнаказанными. Не так часто нарушители привлекаются к ответственности, а если налагаются штрафы, то их взыскание находится не на столь высоком уровне. Допустим, как отмечают в ВАРПЭ, если штрафов выписали на 115 млн рублей, то взыскивается около 1 млн рублей.