کمپ بیوانفورماتیک

📚 امروز می‌خواهیم با مهم‌ترین فرمت‌های فایل در بیوانفورماتیک آشنا شویم.

🔹 FASTQ (.fastq)
ذخیره توالی‌ها به همراه کیفیت خوانش (Quality Score) حاصل از دستگاه‌های توالی‌یابی.

🔹 SAM / BAM (.sam/.bam)
فایل‌های همترازی (Alignment) توالی‌ها با ژنوم مرجع.

🔹 VCF (.vcf)
ذخیره واریانت‌های ژنتیکی مانند SNP و Indel.

🔹 GFF (.gff)
نمایش موقعیت ژن‌ها، اگزون‌ها، اینترون‌ها و سایر ویژگی‌های ژنومی.

🔹 BED / BigWig (.bed/.bw)
ذخیره نواحی ژنومی و داده‌های اپی‌ژنتیکی مانند متیلاسیون و سیگنال‌های ژنومی.

🔹 MGF / mzXML
ذخیره داده‌های طیف‌سنجی جرمی در مطالعات پروتئومیکس و متابولومیکس.

#بیوانفورماتیک
----------
🆔 @BioinfCamp

🎓 موقعیت استادیار در دانشگاه گوتنبرگ، سوئد 🇸🇪

🧬 حوزه: گلیکوبیولوژی شیمیایی، با امکان همکاری در هوش مصنوعی و مدل‌سازی مولکولی
💰 حمایت مالی برای تشکیل گروه پژوهشی
💻 مناسب دارندگان دکتری مرتبط و سابقه پژوهشی در گلیکوبیولوژی یا حوزه‌های نزدیک
📅 مهلت درخواست: ۳۰ اکتبر ۲۰۲۶
🔗 اطلاعات بیشتر و شرایط درخواست

#اپلای
----------
🆔 @BioinfCamp

🎓 موقعیت پسادکتری در دانشگاه اسلو، نروژ 🇳🇴

🧬 حوزه: بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی؛ توسعه مدل‌های یادگیری ماشین برای مطالعه تنظیم ژن و جهش‌های غیرکدکننده در سرطان با داده‌های چنداُمیکی تک‌سلولی و ساختار سه‌بعدی ژنوم
💰 قرارداد ۳ ساله با حقوق
💻 مناسب دارندگان دکتری در رشته‌های مرتبط، با تجربه برنامه‌نویسی و یادگیری ماشین
🔗 اطلاعات بیشتر و نحوه درخواست

#اپلای
----------
🆔 @BioinfCamp

🎓 معرفی دو موقعیت دکتری در سوئد و نروژ

۱. دانشگاه اوپسالا، سوئد 🇸🇪
🦠 میکروبیولوژی تکاملی با تمرکز بر تکامل باکتری‌های داخل‌سلولی
💰 تأمین مالی کامل برای ۴ سال
🔗 اطلاعات بیشتر و نحوه درخواست

۲. دانشگاه اسلو، نروژ 🇳🇴
🧬 بیوانفورماتیک و زیست‌شناسی محاسباتی؛ توسعه مدل‌های یادگیری ماشین برای مطالعه تنظیم ژن و جهش‌های غیرکدکننده در سرطان
💰 دوره ۳ ساله با حقوق، بدون تعهد تدریس
🔗 اطلاعات بیشتر و نحوه درخواست

#اپلای
----------
🆔 @BioinfCamp

سلام همراهان گرامی 🌱
امروز دو موقعیت دکتری در سوئد و نروژ معرفی می‌کنیم؛ فردا یک موقعیت پست‌داک در نروژ و پس‌فردا یک موقعیت هیئت علمی در سوئد.
با ما همراه باشید!

💰 سرمایه‌گذاری‌های بزرگ اخیر در حوزه زیست‌فناوری و سلامت

🔹 NewLimit
جذب ۴۳۵ میلیون دلار برای توسعه درمان بازبرنامه‌ریزی اپی‌ژنتیکی سلول‌های کبد.

🔹 cAMPfield Therapeutics:
جذب ۱۸۰ میلیون دلار برای توسعه داروی خوراکی بیماری‌های التهابی روده (IBD).

🔹 SonoThera:
جذب ۱۲۵ میلیون دلار برای توسعه درمان‌های ژنتیکی مبتنی بر RNA و DNA.

🔹 Ona Therapeutics:
جذب ۸۶.۶ میلیون دلار برای توسعه نسل جدید داروهای آنتی‌بادی-دارو (ADC) علیه سرطان پستان و سرطان کولورکتال.

🔹 Waypoint Bio:
جذب ۲۰ میلیون دلار برای توسعه درمان‌های سلولی طراحی‌شده با هوش مصنوعی.

این سرمایه‌گذاری‌ها نشان می‌دهد که حوزه‌هایی مانند ژن‌درمانی، RNA، هوش مصنوعی، اپی‌ژنتیک و درمان‌های سرطان همچنان در کانون توجه سرمایه‌گذاران زیست‌فناوری قرار دارند.

#بیوانفورماتیک #زیست_فناوری
----------
🆔 @BioinfCamp

حس خنکی و تازگی نعنا! 🙄

🌿 منتول (Menthol) یک ترکیب طبیعی از نعناع فلفلی است که حس خنکی و تازگی ایجاد می‌کند.

💊 استفاده‌ها: داروهای ضدسرفه، کرم‌های موضعی، خمیردندان و دهان‌شویه‌ها.
🍬 در صنایع غذایی و شیرینی هم به عنوان طعم‌دهنده به کار می‌رود.
🧪 فرمول شیمیایی: C₁₀H₂₀O

#دانستنی‌ها
----------
🆔 @BioinfCamp

معرفی Paper Banana 🍌

🔹 یک ابزار هوش مصنوعی برای ایجاد تصویرسازی علمی و شکل‌های آکادمیک.

🔹 با Paper Banana می‌تونی از توضیحات متنی نمودارها، دیاگرام‌ها و اشکال علمی با کیفیت انتشار بسازی، بدون نیاز به طراحی دستی!

https://paperbanana.studio/?utm_source=chatgpt.com

#معرفی_ابزار
----------
🆔 @BioinfCamp

آشنایی با فناوری
Nanopore Direct RNA Sequencing

🔹 برخلاف روش‌های رایجِ RNA Seq فناوری یاد شده مولکول‌های RNA را به‌صورت مستقیم و بدون تبدیل به cDNA توالی‌یابی می‌کند.

🔹 این ویژگی باعث می‌شود بتوان به‌طور هم‌زمان اطلاعات ارزشمندی مانند ایزوفرم‌های کامل RNA، اسپلیسینگ، تغییرات اپی‌ترنسکریپتومی و طول دنباله Poly(A) را از هر مولکول به دست آورد.

🔹 این فناوری گامی مهم در درک بهتر تنظیم بیان ژن، کشف بیومارکرها و توسعه پزشکی دقیق به شمار می‌رود و انتظار می‌رود در سال‌های آینده نقش پررنگ‌تری در تحقیقات زیست‌پزشکی ایفا کند.

#توالی_یابی
----------
🆔 @BioinfCamp

🤖 آیا برای استفاده از هوش مصنوعی آماده‌ایم؟

🔹 بسیاری تصور می‌کنند موفقیت در هوش مصنوعی فقط به مدل‌ها و ابزارهای جدید وابسته است؛ اما واقعیت این است که کیفیت داده‌ها مهم‌تر از خود مدل‌هاست.

🔹 در حوزه سلامت و علوم زیستی، داده‌های بالینی، ژنومی و دنیای واقعی باید یکپارچه، استاندارد و قابل اعتماد باشند تا هوش مصنوعی بتواند نتایج ارزشمند تولید کند.

🔹 متخصصان معتقدند آمادگی واقعی برای AI بر پنج پایه استوار است:
- داده‌های باکیفیت
- حاکمیت و مدیریت داده
- امنیت سایبری
- استانداردسازی و تعامل‌پذیری داده‌ها
- همکاری بین متخصصان حوزه‌های مختلف

🔹 هوش مصنوعی به اندازه داده‌هایی که با آن تغذیه می‌شود هوشمند است.

#هوش_مصنوعی
----------
🆔 @BioinfCamp

🧬 آیا زیرساخت داده‌های زیست‌پزشکی در خطر است؟

🔹 گروهی از پژوهشگران هشدار داده‌اند که پایگاه داده‌های عمومی مانند
PubMed, PDB, and TCGA
که ستون فقرات تحقیقات زیست‌پزشکی و توسعه ابزارهای هوش مصنوعی هستند، با مشکلات بودجه و پایداری مواجه‌اند.

🔹 بسیاری از مدل‌های موفق AI در علوم زیستی، از جمله ابزارهای پیشرفته کشف دارو، بر داده‌های عمومی و متن‌باز آموزش دیده‌اند.

🔹 کارشناسان معتقدند این منابع باید مانند زیرساخت‌های حیاتی عمومی، با سرمایه‌گذاری بلندمدت و پایدار حمایت شوند.

🔹 بدون داده‌های عمومی، نوآوری در زیست‌پزشکی و هوش مصنوعی به‌مرور کندتر خواهد شد.

#بیوانفورماتیک
----------
🆔 @BioinfCamp

🤔 آیا تا به حال از خودت پرسیدی در داده‌های سینگل‌سل پروژه‌ات، تعداد بهینه خوشه‌ها چقدر باید باشه؟ دو معیار مهم وجود داره که می‌تونن در انتخاب تعداد مناسب خوشه‌ها به شما کمک کنند:

1️⃣ Gap Statistic
این روش تعداد بهینه خوشه‌ها رو با مقایسه پراکندگی داخل خوشه‌ها با یک توزیع مرجع تصادفی پیدا می‌کنه. هرچه مقدار Gap بالاتر باشه خوشه‌بندی بهتر و دور از حالت تصادفی است.

2️⃣ Silhouette Width
این معیار، کیفیت خوشه‌ها رو برای هر سلول بررسی می‌کنه. امتیاز نزدیک 1 یعنی سلول به خوبی در خوشه خود قرار گرفته و کمتر از 0 و نزدیک -1 یعنی خوشه‌ها همپوشانی دارند یا اشتباه دسته‌بندی شده‌اند

#سینگل_سل #آنالیز_داده
----------
🆔 @BioinfCamp

🔹 مفهوم Exploratory Data Analysis یکی از مهم‌ترین مراحل در تحلیل داده است که قبل از ساخت مدل‌های آماری و یادگیری ماشین انجام می‌شود.

🔹 در این مرحله، داده‌ها از نظر توزیع، مقادیر گمشده، داده‌های پرت، همبستگی بین متغیرها و الگوهای پنهان بررسی می‌شوند.

🔹 یک EDA مناسب می‌تواند از بسیاری از خطاهای مدل‌سازی جلوگیری کرده و دید بهتری نسبت به داده‌ها در اختیار پژوهشگر قرار دهد.

#یادگیری_ماشین #هوش_مصنوعی
----------
🆔 @BioinfCamp

🔎 برای جستجوی هوشمند در مقالات زیست‌پزشکی، PubTator 3 را امتحان کنید.

🔹 این ابزار رایگان NCBI به شما امکان می‌دهد ژن‌ها، بیماری‌ها، داروها و روابط بین آن‌ها را در بیش از 35 میلیون مقاله و چکیده علمی جستجو کنید.

🔹 مناسب برای مرور متون، یافتن ارتباطات زیستی و پروژه‌های بیوانفورماتیک.

🌐 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/research/pubtator3/

#بیوانفورماتیک #مقاله
----------
🆔 @BioinfCamp

همراهان عزیز، در ادامه‌ی برنامه قبلی، از افرادی که خارج از ایران مشغول به تحصیل یا فعالیت پژوهشی هستند و تمایل دارند به «شبکه پژوهشگران ایرانیان خارج از کشور» بپیوندند، دعوت می‌کنیم به ادمین پیام دهند.
@MainAdmin
در این شبکه، پژوهشگران ایرانی ساکن کشورهای مختلف گرد هم می‌آیند تا زمینه ارتباط، تبادل تجربه و همکاری‌های علمی فراهم شود.

همراهان عزیز، بررسی رزومه‌ها به پایان رسیده و به افرادی که انتخاب شده‌اند پیام ارسال شده است. بنابراین، اگر پیامی دریافت نکرده‌اید، به این معناست که متأسفانه در این مرحله انتخاب نشده‌اید.

اگر مایل به دریافت بازخورد هستید، لازم است بدانید که مهم‌ترین دلیل پذیرفته‌نشدن بسیاری از متقاضیان، نداشتن سابقه پژوهشی کافی و متناسب با سطح مورد انتظار بوده است. پیشنهاد می‌کنیم اگر هنوز تجربه پژوهشی ندارید، از برنامه «منتور اختصاصی» استفاده کنید تا با همراهی یک منتور، پروژه اختصاصی خود را آغاز کرده و تجربه لازم را به دست آورید. پس از کسب این تجربه، می‌توانید با رزومه‌ای قوی‌تر برای فرصت‌های آینده درخواست دهید.

برای دریافت اطلاعات بیشتر درباره برنامه منتور اختصاصی، می‌توانید به ادمین پیام دهید.
@MainAdmin

🧬 وقتی تکامل به کمک طراحی واکسن می‌آید
Fitness Landscape

🔹 فرض کنید ویروس 🦠 برای فرار از سیستم ایمنی مجبور به جهش شود. اما همه جهش‌ها یکسان نیستند!

🔹 برخی جهش‌ها تقریباً هیچ هزینه‌ای برای ویروس ندارند، اما بعضی دیگر آن‌قدر به عملکرد ویروس آسیب می‌زنند که عملاً بقای آن را تهدید می‌کنند.

🔹 مفهوم «Fitness Landscape» دقیقاً همین موضوع را بررسی می‌کند: کدام بخش‌های ویروس برای جهش کردن گران هستند و کدام بخش‌ها به‌راحتی تغییر می‌کنند.

🔹 بر اساس این دیدگاه، بهترین اپی‌توپ‌ها لزوماً محافظت‌شده‌ترین (conserved) نواحی نیستند؛ بلکه نواحی‌ای هستند که فرار از آن‌ها برای ویروس هزینه تکاملی بالایی دارد.

🔹 این ایده امروزه در طراحی واکسن‌های HIV و سایر پاتوژن‌های جهش‌پذیر کاربرد گسترده‌ای پیدا کرده است.

📖 برای مطالعه بیشتر:
https://doi.org/10.1073/pnas.2022496118

#طراحی_واکسن
----------
🆔 @BioinfCamp

💼 اگر در جستجوی کار هستید، این را بدانید:

🔹 امروزه حتی بسیاری از افراد باتجربه و ارشد نیز با این واقعیت مواجه می‌شوند که بیش از نیمی از درخواست‌های شغلی‌شان بدون حتی یک مصاحبه رد می‌شود.

🔹 بسیاری از رزومه‌ها ابتدا توسط سیستم‌های خودکار و هوش مصنوعی بررسی می‌شوند.
🔹 عدم دریافت پاسخ از سوی شرکت‌ها (Ghosting) به پدیده‌ای رایج تبدیل شده است.
🔹 رد شدن لزوماً به معنای ضعیف بودن رزومه یا ناکافی بودن توانایی‌های شما نیست.

بنابراین اگر درخواستی ارسال کردید و پاسخی نگرفتید یا رد شدید:
🔹 اعتماد به نفس خود را از دست ندهید.
🔹 ارزش حرفه‌ای خود را زیر سؤال نبرید.

گاهی رد شدن، بیشتر از آنکه درباره شما باشد، درباره فرآیندهای استخدام و شرایط بازار کار است.

#مسیر_شغلی
----------
🆔 @BioinfCamp

🤖 آیا هوش مصنوعی واقعاً می‌تواند جای برنامه‌نویسان را بگیرد؟

✨ تجربه بسیاری از توسعه‌دهندگان نشان می‌دهد که ابزارهای هوش مصنوعی در تولید کدهای کوچک و مستقل عملکرد قابل قبولی دارند، اما هرچه پروژه بزرگ‌تر و پیچیده‌تر می‌شود، حفظ انسجام، معماری و کیفیت کلی سیستم دشوارتر می‌شود.

پس:
🔹 از هوش مصنوعی برای تولید ایده و پیشنهاد راه‌حل استفاده کنید.
🔹 از هوش مصنوعی برای بررسی و اعتبارسنجی کد بهره ببرید.
🔹 تصمیم نهایی و قضاوت مهندسی را به‌طور کامل به هوش مصنوعی نسپارید.

#هوش_مصنوعی #برنامه_نویسی
----------
🆔 @BioinfCamp

📌 شش اشتباه رایج در اپلای و مصاحبه دکتری

❌ بدون سوال جلسه رو ترک نکن
❌ ادای بلد بودن درنیار!
❌ جهت تحقیق رو تو مشخص نکن
❌ ضعف‌هاتو پنهان نکن
❌ در جلسه مصاحبه از رو نخون
❌ بدون اثبات و مدرک نگو به پروژه‌ “fit هستم”

#اپلای
----------
🆔 @BioinfCamp