Меня как биохакера, а значит, сторонника свободного распространения любой медицинской информации и технологий, всегда раздражало, что некоторые генетические лаборатории выдают исходные данные только в формате vcf или берут деньги за выдачу в формате txt 23me - который гораздо более удобен для чтения.

Да, есть сервис ilovevcf, но он не всегда срабатывает, и вы тем самым отдаете генетические данные непонятно кому. И есть на гитхабе куча решений, но они удивительно непонятные и бесячие в разворачивании, я не опытный разработчик, я хочу просто приложение для конвертации.

Чтож, этот день настал наконец, я сегодня читаю лекцию по генетике на форуме "Ревертаза" и мы разбираем реальные кейсы, а люди присылают исходные данные опять в vcf. Поэтому я написал и прилагаю скрипт, который переводит vcf в txt и больше не надо никому платить и рисковать своими данными.

Скрипт достаточно скопировать в папку с вашим файлом исходных данных vcf и запустить его (как показано на видео, на компьютере должен быть установлен Python любой современной версии). Если найдете ошибки - пишите, а если знаете более удобные сервисы конвертации - тоже пишите в комментарии.

Что делать потом с txt файлом расскажу сегодня на лекции и выложу видео здесь. Его конечно также можно загрузить в наш сервис biodata, но пока там тоже не очень детальный генетический интерпретатор, мы им займемся в следующем году как следует.

#biodata на связи