Когда у вас появляется большое количество скриптов которые запускаются по рассписанию контролировать их работу становится проблематично, в связи с чем я нашел решение в следующем, в ходе работы каждого скрипта собирается дата фрейм с ошибками, после чего если в этот дата фрейм попала хоть одна ошибка, по выполнению скрипта мне эта таблица отправляется на почту со всеми ошибками и всей нужной мне информацией, процесс отправки писем из R я постарался подробно описать возможно кому то тоже понадобится.

https://goo.gl/8Wu1On