«Удивительно, но изучение познания выглядит скорее отраслью информатики, чем биологии. [...] В нейробиологии стандартная терминология теории мозга в значительной степени отсылает к небиологическому миру, миру созданных человеком машин: вычисления, реализация, алгоритмы, коды, оптимизация... Ирония в том, что ученые отказались от идеи сотворения живых организмов богом, но при этом приняли модель живого, основанную на артефактах, созданных инженером. Они считают скандальной мысль о том, что животные являются продуктом разумного замысла, и тем не менее отождествляют живые организмы с машинами — теми артефактами, которые созданы людьми для определенной цели с использованием знаний и планирования. Является ли это научным взглядом на жизнь или монотеизмом, отвергающим язычество?»

В книге «Мозг в теории» известный специалист в области вычислительной нейробиологии Ромен Брет пишет об эпистемологических противоречиях современной науки о мозге.

Развивая критику инженерных метафор, Брет отмечает:

«Основные теории мозга укоренены в концепциях инженерии, таких как вычисления, код, управление, информация, обратное проектирование, оптимизация. Живые организмы объявляются машинами, а мозг — компьютером. Примечательно, что тот факт, что познание является биологическим феноменом, выглядит совершенно анекдотичным: биология здесь выступает лишь как "реализация"».

Подчеркивая несостоятельность такого подхода, он добавляет:

«Но живые организмы не спроектированы инженерами. Инженерия — это использование знаний для решения технических задач, создания артефактов под конкретную цель и по определенному плану. Мозги не создавались инженером, и весь смысл теории Дарвина как раз в том, что эволюция — это не случай инженерного проектирования».

Может оказаться, что Брет занимается пустым философским кокетством. Но можно воспринимать это так, что он высказывает рациональные научно-методологические мысли. Заимствуя компьютерные метафоры из сферы искусственных систем, исследователи незаметно возвращают в биологию телеологическое мышление. Искусственные машины создаются для решения конкретных, заранее поставленных задач, тогда как эволюция живых систем представляет процесс естественного отбора, не имеющий ни изначального чертежа, ни заранее заданной цели.

Рассматривая мозг преимущественно как вычислительное устройство, выполняющее алгоритмы и оптимизирующее коды, нейронаука рискует подменить реальную биологическую эволюцию антропоморфными схемами инженерного проектирования.

Брет не призывает отказаться от математического моделирования, но настойчиво призывает осознавать концептуальные ограничения моделей, чтобы «вернуть жизнь обратно в теорию мозга и рассматривать его как самоорганизующееся, развивающееся сообщество живых сущностей, а не как оптимизированный набор машинных компонентов».