Гиппокамп получает основную часть своих входных сигналов из энторинальной коры, которая передает информацию от различных ассоциативных областей коры больших полушарий через следующие пути:

— Перфорантный путь, идущий от энторинальной коры к зубчатой извилине.

— Проекции от энторинальной коры к полям CA3 и CA1 гиппокампа, причем этот путь является двусторонним, так как существуют обратные проекции от гиппокампа через энторинальную кору обратно к неокортексу.

— Дополнительные афферентные волокна от обонятельной луковицы к гиппокампу, но обратные волокна в данном случае не образуют значимого реципрокного пути.

— Проекции от миндалевидного тела к гиппокампу, и здесь также имеется двусторонняя связь с обратными путями от гиппокампа к миндалине.

— Волокна от ядер шва ствола мозга к гиппокампу, несущие серотонергические сигналы. Этот путь является восходящим и однонаправленным.

— Двусторонние связи с септумом.

Главным и наиболее известным выходом гиппокампа является система волокон, называемая сводом, которая идет от пирамидных нейронов полей CA3 и субникуляра к сосцевидным телам гипоталамуса, передним ядрам таламуса и перегородке, обеспечивая участие гиппокампа в механизмах памяти и эмоционального реагирования.

При этом в составе свода также присутствуют прекомиссуральные волокна, идущие в обратном направлении от ядер септума к гиппокампу.

Другой выходной путь идет от гиппокампа через энторинальную кору к неокортексу, замыкая корково-гиппокампальный круг обработки информации, необходимый для консолидации долговременной памяти.