Статья начинается с интересного, хотя и довольно ожидаемого результата: точность предсказания пола животного по метилому = 98.5%. Это неудивительно, если вспомнить, что обогащение метильными метками на X хромосоме само по себе хорошо разделяет классы и не требует сложной классификационной модели под капотом. Тоже самое авторы проделали с видом животного, типом ткани, из которой клетки шли на секвенирование и таксономическим порядком - везде точность оказалась >98%. Увы, на этом хорошие результаты заканчиваются и начинаются странные вещи. Далее авторы предсказывают собственно МПЖ, сообщая нам коэффициент корреляции, в качестве метрики точности r=0.89 (рис. 1), посчитанный методом Leave-One-Species-Out (тоже что LOO, если вы знаете что это). Сам по себе этот результат позволяет довольно однозначно заключить:
паттерн метилирования ДНК действительно содержит информацию о максимальной продолжительности жизни.
Вот только не понятно, это потому что метилирование ДНК кодирует также филогенетические расстояния между видами или это независимый признак? Казалось бы, естественным продолжением было бы включить филогению в анализ, как ковариат или как предположение о неравномерном сэмплировании. Последнее можно сделать с помощью метода под названием [PGLS regression] - настолько известного в эволюционной биологии, что не знать о нем кто-либо из 17 авторов статьи просто не мог. Однако, авторы этого не сделали. Зато авторы дискредитировали свой результат показав картинку (рис. 2), на которой явно видно, что предсказывать МПЖ вида, можно просто по ближайшему, по эволюционному древу, соседу (1-NN) с практически той же точностью. В итоге, этот момент мне остался не понятен. Действительно ли метилирование CpG сайтов предсказывает МПЖ и может служить (при некотором уровне наглости высказывания) детерминантом МПЖ у животных, или же это просто новый способ «закодировать» филогению? (пишите в комментарии если что-то про это думаете, отныне они открыты).