Разумеется с моей стороны было бы преступным не пойти и не посмотреть, а что это там за гены такие, промоторы которых оказываются столь важными для предсказания МПЖ? (Специально для вас препроцессировал табличку с этими генами и корреляцией Пирсона между плотностью CpG в промоторах и МПЖ.) Сходу ничего не понятно. Попытка вставить в GO enrichment или StringDb тоже не приводит к каким-то значимым обогащениям. Небольшой раунд общения с o3 показал, что некоторые из генов отвечают за репарацию ДНК, некоторые за аутофагию, некоторые за подавление раков - единой картины нет. Что ж, тогда надо гуглить дальше, а кто цитирует эту статью? Оказалось, что попытка объяснить явление механистически уже была дана в другой статье 2020 года: Is CpG Density the Link between Epigenetic Aging and Lifespan? - которая является коротенькой но довольно внятной.
Сейчас поведаю ее суть.

Наши американские коллеги, некоторое время вдохновлявшись сиртуинами, поликомбами и (пресловутыми) эпигенетическими часами, поведали следующее:
- Все эти гены с богатыми на CpG промоторами на самом деле являются так называемыми «генами развития», очень важными для жизни клетки.
- Вокруг CpG богатых регионов часто тусят дислоцируются комплексы ремоделирования хроматина. Они включают в себя белки поликомба и сиртуины (и еще кучу всего).
- Если в ДНК клетки происходит двухцепочечный разрыв, то вся эта компания рекрутируется в место разрыва, оставляя CpG регионы открытыми для метилтрансфераз (и деметилаз). После устранения разрыва, компания возвращается.
- Однако, метилтрансферазы имеют ограниченную "мощность" и успевают поменять метилирование лишь на небольшом количестве CpG сайтов, не успевая поменять их все до возвращения поликомба и его друзей.
- Поэтому чем больше у гена CpG сайтов в промоторе, тем сложнее ему навалить шума изменить экспрессию, посредством изменения эпигенетического контекста в промоторе (см. вторую картинку).
- В итоге оказывается, что чем больше у данного вида CpG сайтов в промоторах генов важных для развития, тем более устойчив этот вид к, так называемому, «эпигенетическому шуму» (хотя этот термин мне не нравится).

Итог.
Небольшое расследование выше приводит нас к довольно интересному и даже, осторожно замечу, оптимистичному выводу. У нас прямо под носом уже 5 лет лежит весьма неплохая феноменологическая теория старения, объясняющая 76% межвидового МПЖ. Эта теория уже даже и не особо феноменологическая, поскольку имеет неплохую механистическую интерпретацию через гены развития и ремоделеры хроматина. Никакие мои попытки нагуглить набор биомаркеров, способный столь же хорошо объяснять МПЖ в разных видах не привели к успеху. (Была только статья Хорвата про связь среднего метилирования CpG и МПЖ, но это в ту же степь и я еще не до конца разобрался с ней.) Конечно, нужно помнить, что есть и другие критерии, которым должна удовлетворять «хорошая» теория старения. Полный перечень этих критериев потребует еще десятки часов холиваров в чатах или воркшопов на научных конференциях. Но пока фиксируем то что есть. Межвидовой МПЖ лучше всего объясняется эпигенетикой. Других столь же успешных теорий в свете объявленного выше критерия нет.