🦀 Старшеклассник сделал инструмент для биоинформатики, который выглядит как проект уровня индустрии.

BioForge - это полностью Rust-ориентированный toolkit для автоматической подготовки биологических макромолекул.

Что он делает:

- читает структуры из PDB и mmCIF
- восстанавливает недостающие атомы
- добавляет водороды и корректные окончания
- собирает топологию молекулы
- при необходимости добавляет воду и ионы
- и всё это — без Python, C++ и FFI, полностью внутри Rust

Почему это интересно.

Точность через шаблоны
Структуры собираются на основе подготовленных TOML-шаблонов для аминокислот, нуклеотидов и воды — воспроизводимые координаты, заряды и связи.

Высокая производительность
Многопоточность через rayon позволяет обрабатывать системы с миллионами атомов за миллисекунды.
Минимум копирования данных и работа «на месте».

Удобная модель данных
Простые структуры:
- Atom
- Residue
- Chain
- Structure

Геометрия работает через nalgebra.

Поддержка форматов
- PDB
- mmCIF
- MOL2
Плюс подробные ошибки парсинга.

Полный pipeline подготовки
Очистка → восстановление → протонирование → солватация → преобразования координат → сборка топологии.

WebAssembly
Есть полноценные WASM-биндинги — можно запускать в браузере для молекулярных визуализаторов и web-приложений.

Rust-first подход
- без FFI
- без глобального состояния
- современные возможности Rust (edition 2024)

Проект: https://github.com/TKanX/bio-forge

Иногда интересные инженерные проекты появляются не в компаниях, а в школьных репозиториях.