Несмотря на то, что Верховный суд Израиля в 1999 году официально запретил пытки, в реальности ШАБАК-а пытки и жестокое обращение на допросах - обычное и заурядное дело.

Правозащитные организации (например, «Бецелем», Public Committee Against Torture in Israel — PCATI) и бывшие подследственные регулярно сообщают о методах, которые подпадают под определение пыток. Среди них:
- длительное удержание в болезненных позах («позиция лягушки», когда человек приседает на носках);
- связывание в так называемой «позиции Шабак», которая создаёт сильное давление на тело;
- лишение сна;
- громкая музыка на протяжении долгого времени;
- физическое насилие (тычки, пощёчины, удары);
- моральное давление: оскорбления, угрозы в адрес родственников, унижения, в том числе с учётом религиозных или культурных особенностей. 
- Плохие условия содержания. В отчётах описываются антисанитарные условия в некоторых помещениях: грязь, насекомые, нехватка еды и воды, экстремальные температуры, круглосуточное освещение. 
- Отдельные резонансные эпизоды. В апреле 1984 года разразился скандал: выяснилось, что после штурма автобуса (операция «Автобус 300») двое из четырёх захваченных подозреваемых были застрелены уже после того, как их обезвредили. При этом высокопоставленные сотрудники Шабака давали ложные показания.

Встречаются жалобы на сексуальное домогательство со стороны следователей. 

Одна из ключевых проблем — системная безнаказанность. Правозащитники отмечают: несмотря на многочисленные жалобы (например, с 2001 года в Министерство юстиции поступило более 1400 обвинений в пытках со стороны Шабака), лишь единицы дел доходили до уголовного расследования, а обвинительных приговоров не было вообще.