А я нашёл такую вкуснятину:
• docs.flatpak.org/en/latest/tips-and-tricks.html#adding-a-custom-installation

Иногда возникает желание установить некоторые Flatpak-пакеты на отдельный диск и, оказывается, это возможно, при этом стандартное расположение сохраняется, что удобно. Можно выборочно ставить софт на удобный диск.