Решил тут месяц назад настроить себе SSH ключи в Bitwarden и что меня удивило в отличии от 1Password - всё отлично работает с Flatpak

Инструкция: https://bitwarden.com/help/ssh-agent/

Из необычного, узнал, что можно использовать ssh ключ и для подписи коммитов

@toxblh_linux