Diff с учётом синтаксиса, поддерживает и PHP: http://amp.gs/jpLv1

На скриншоте элемент в массиве передвинулся на вторую строку, но вторая строка массива не подсвечена как изменённая, утилита подсветила разницу содержимого массивов, а не форматирования.