این صورت مسئله‌ای که گفتن واقعا وجود دره و اگه از خیلی از قابلیت های latex استفاده کنید، با یه pass کامپایل کردن همه ی symbol ها درست کامپایل نمیشن و باید بار دوم و سوم هم کامپایل کنید،
برای این منظور یه اسکریپت perl رسمی به اسم latexmk وجود داره که البته یه مقدار قدیمی و کثیفه به نظر من ولی فوق‌العاده قدرتمنده. با فایل latexmkrc هم میتونید تنظیم کنید کامپایلر پیشفرض چی باشه. مثلا از pdflatex به xelatex تبدیلش کنید.
https://mg.readthedocs.io/latexmk.html


اما ابزارهای دیگه که وجود دارن و من پسندیدم یکی arara بود که با یکی دو خط بالای فایل نوشتن، میتونید بهش بگید چه مراحلی رو برای کامپایل باید طی کنه و این کارو انجام میده. پیشتبانی از root document هم داره.
https://github.com/islandoftex/arara

اما یکی دیگه از ابزارهای خیلی خوب latex که خیلی کار رو راحت می‌کنه tectonic ئه. با این ابزار دیگه نگران هیچی نیستیم، فقط نصبش میکنیم و می‌زنیم کامپایل فایل اصلی و تمام. هم نیازمندی ها رو خودش میگیره هم سر جای مناسب قرار میده هم هر تعداد مرحله که لازم باشه کامپایل می‌کنه. حجم زیادی هم نداره در کمال تعجب.
هدفش کلا روی reproducible بودن بیلد داکیومنت شماست و به نظرم کارش رو خیلیم خوب انجام میده. مثلا اگه از مسیرهای مطلق استفاده کنید بهتون هشدار میده که جای دیگه شاید این فایل وجود نداشته باشه. همینطور برای فونتها.
البته من تنها مشکلی که خوردم باهاش سر سازگاریش با biber برای ارجاع‌ها بود.
https://tectonic-typesetting.github.io/en-US/


همه این ابزارهای فنسی و جدید خوب، ولی مشکلی که وجود داره و باعث میشه مجبور بشیم از همون latexmk استفاده کنیم اینه که ideهای latex لزوما از این ابزارهای دلخواه ما استفاده نمیکنن، خیلیم اینطوریم نیست که ما دستور کامپایل رو عوض کنیم و کار کنه. (حداقل من موفق نشدم!)
قاعدتاً باید عوض کردن دستور کامپایل باید کافی باشه ولی:
https://tex.stackexchange.com/a/663445