Бюджет ФОМС сверстан с дефицитом, его покроют за счет переходящих остатков. Правительство внесло в Госдуму проект бюджета Федерального фонда обязательного медицинского страхования на 2027 год и плановый период 2028-2029 годов, где заложен дефицит бюджета фонда на всю трехлетку.